DIA與DDA在無標記定量蛋白質組學中的應用對比檢測技術服務詳情介紹

無標記定量dànbáizhì組學（Label-Free Quantitative Proteomics）作為研究生物系統(tǒng)中蛋白表達動態(tài)變化的重要工具，已廣泛應用于疾病機制研究、藥物靶點發(fā)現及生物標志物篩選。在無標記定量策略中，數據依賴采集（Data-Dependent Acquisition, DDA）與數據獨立采集（Data-Independent Acquisition, DIA）是zuì常見的兩種質譜數據獲取方式，各自擁有不同的技術特點和應用場景。本文將圍繞這兩種策略進行系統(tǒng)對比，幫助科研人員在實驗設計中做出zuì優(yōu)選擇。

一、什么是DDA（數據依賴采集）？

??原理簡述

DDA是一種“采強不采弱"的數據采集方式。在一次MS掃描中，質譜儀首優(yōu)良行MS1全掃描，再根據信號強度選擇前若干個zuì強的母離子進行MS2碎裂分析。這種方式可確保獲得高質量的MS/MS譜圖，適用于蛋白鑒定。

??優(yōu)勢

• 譜圖質量高：每次碎裂的都是zuì強信號，信噪比好，便于高置信度鑒定。

• 數據庫搜索效率高：獲得的MS/MS信息適用于傳統(tǒng)的SEQUEST、Mascot等搜索算法。

??局限性

• 重復性差：不同樣本或不同批次中被選中的母離子可能不同，導致缺失值較多。

• 對低豐度蛋白不友好：高豐度蛋白更容易被選中，低豐度蛋白常被忽略。

• 動態(tài)范圍受限：復雜樣本中高豐度蛋白“遮蔽"效應顯著。

二、什么是DIA（數據獨立采集）？

??原理簡述

DIA采用“無差別掃描"策略，將預設的m/z窗口內所有離子統(tǒng)一進行碎裂，不依賴前體離子強度。其代表性技術如SWATH-MS、diaPASEF等。DIA采集到的是系統(tǒng)性的全譜信息，適合定量分析。

??優(yōu)勢

• 高重復性和數據完整性：樣本間離子選擇一致，缺失值顯著減少。

• 對低豐度蛋白更友好：全譜采集避免了對高豐度蛋白的偏倚。

• 便于構建可重復的dànbáizhì組圖譜庫（Spectral Library）。

??局限性

• 數據復雜度高：MS2譜圖重疊嚴重，依賴優(yōu)良的軟件進行解卷積。

• 對算法依賴度高：數據分析需配合DIA專用軟件如Spectronaut、DIA-NN、EncyclopeDIA等。

三、DIA與DDA的核心性能對比

四、應用場景選擇建議

1、探索性研究/新物種研究

若研究目標為發(fā)現未知蛋白、構建蛋白圖譜，DDA因譜圖質量高、數據庫匹配效率好，是優(yōu)選方案。

2、大規(guī)模樣本定量/臨床隊列分析

在大樣本隊列分析、疾病生物標志物篩選等高通量定量研究中，DIA因數據一致性高、缺失值少，更適合用于差異蛋白篩選與統(tǒng)計分析。

3、質譜圖譜庫構建策略

常見的做法是先用DDA構建高質量譜圖庫，再進行DIA定量，這種“DDA+DIA聯(lián)合策略"兼顧了數據質量與通量，已成為主流方案之一。

無論是DDA還是DIA，各自都有dútè優(yōu)勢，科研人員應根據實驗目的、樣本類型與預算進行科學選擇。DIA作為下一代主流趨勢，其在定量dànbáizhì組學中的優(yōu)勢愈發(fā)顯著。而DDA在譜圖庫構建與新蛋白發(fā)現方面依然bùkětìdài。百泰派克生物科技致力于提供高質量的基于Label Free的定量蛋白組分析服務，廣泛適用于基礎科研、疾病機制研究、生物標志物篩選及臨床轉化等多個方向。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優(yōu)勢：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現新的生物標記物;

2.體內體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統(tǒng)準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統(tǒng)進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，zuì后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優(yōu)勢：

1.技術優(yōu)良，*技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現了數量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規(guī)蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質生物藥物分析服務，幫助生物醫(yī)藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優(yōu)質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質量研究服務；

3.業(yè)務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質的生物質譜分析服務!

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