Bottom-Up蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析流程檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

Bottom-Updànbáizhì組學(xué)通過(guò)酶解dànbáizhì獲得肽段，再經(jīng)質(zhì)譜鑒定與定量，zuì終反推dànbáizhì的種類與豐度。這一方法以其高通量、靈敏度高和適配性強(qiáng)等優(yōu)點(diǎn)，廣泛應(yīng)用于生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)、疾病機(jī)制研究和藥物開(kāi)發(fā)等領(lǐng)域。以下是標(biāo)準(zhǔn)的Bottom-Updànbáizhì組學(xué)數(shù)據(jù)分析流程。

一、樣本準(zhǔn)備與dànbáizhì酶解

Bottom-Updànbáizhì組學(xué)的dìyī步是dànbáizhì提取和酶解。針對(duì)不同的樣本類型，如組織、細(xì)胞或體液，需選用合適的裂解方法和緩沖液，確保dànbáizhì提取完整并保留天然修飾信息。隨后通過(guò)BCA或Bradford法對(duì)蛋白濃度進(jìn)行定量，并利用SDS-PAGE初步評(píng)估dànbáizhì量。核心步驟是使用yídànbáiméi對(duì)dànbáizhì進(jìn)行特異性酶解，形成適合質(zhì)譜分析的肽段混合物，必要時(shí)還可使用Lys-C、Glu-C等酶進(jìn)行聯(lián)合酶解以提高覆蓋率。

1、dànbáizhì提取

不同組織或細(xì)胞類型需采用特定的裂解液與處理方法（如超聲、加熱或機(jī)械破碎），以確保dànbáizhì完整性和提取效率。

2、dànbáizhì定量與質(zhì)量控制

采用BCA或Bradford法進(jìn)行蛋白濃度測(cè)定，結(jié)合SDS-PAGE初步評(píng)估dànbáizhì質(zhì)量。

3、酶解處理（通常使用yídànbáiméi）

通過(guò)酶切將dànbáizhì分解為肽段，形成適于質(zhì)譜分析的復(fù)雜肽混合物。

二、LC-MS/MS分析

酶解后的肽段先經(jīng)過(guò)高效液相色譜分離，再進(jìn)入質(zhì)譜儀進(jìn)行MS1和MS2掃描。當(dāng)前主流質(zhì)譜平臺(tái)如Thermo的Orbitrap Exploris、Bruker的timsTOF Pro，以及Sciex的TripleTOF均具備高分辨率和高掃描速度，適用于不同的研究需求。常用的質(zhì)譜采集模式包括：

DDA（Data-Dependent Acquisition）：選擇信號(hào)強(qiáng)度前N的前體離子進(jìn)行碎裂分析。

DIA（Data-Independent Acquisition）：無(wú)偏采集所有離子窗口，適合大規(guī)模蛋白定量。

百泰派克生物科技依托Orbitrap Exploris與timsTOF等gāoduān平臺(tái)，配合高精度納升液相系統(tǒng)，實(shí)現(xiàn)高覆蓋、高重復(fù)性的數(shù)據(jù)采集，滿足復(fù)雜樣本的深度分析需求。

三、原始數(shù)據(jù)處理

1、數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換

不同廠商的質(zhì)譜儀生成的數(shù)據(jù)格式各異，如.raw（Thermo）、.wiff（Sciex），需轉(zhuǎn)換為標(biāo)準(zhǔn)格式（如.mzML、.mgf），以便于在開(kāi)源或商業(yè)軟件中進(jìn)一步

2、肽段鑒定

數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換后，需借助數(shù)據(jù)庫(kù)搜索引擎（如MaxQuant、MSFragger、Proteome Discoverer）將MS/MS譜圖與參考蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)，從而識(shí)別肽段序列及其修飾信息。FDR（通?？刂圃?%）用于保障鑒定的置信度。

3、dànbáizhì推斷與定量

通過(guò)將多個(gè)來(lái)源于同一蛋白的肽段進(jìn)行整合，可推斷蛋白的存在與豐度。定量策略包括：

（1）Label-free：無(wú)需標(biāo)記，適用于大樣本隊(duì)列；

（2）TMT/iTRAQ等同位素標(biāo)記法：可實(shí)現(xiàn)多樣本批量比對(duì)；

（3）DIA：結(jié)合光譜庫(kù)實(shí)現(xiàn)更高的定量穩(wěn)定性和深度。

四、數(shù)據(jù)質(zhì)量控制與標(biāo)準(zhǔn)化

為確保數(shù)據(jù)分析的準(zhǔn)確性與可靠性，必須對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行多維質(zhì)量控制：

（1）缺失值處理：采用*（如KNN、隨機(jī)森林）或過(guò)濾策略；

（2）樣本間一致性檢驗(yàn)：計(jì)算皮爾遜相關(guān)系數(shù)，排查異常樣本；

（3）PCA分析：判斷樣本是否存在批次效應(yīng)或分類趨勢(shì)。

五、差異表達(dá)分析

六、功能富集與通路分析

識(shí)別出的差異蛋白需進(jìn)一步進(jìn)行生物學(xué)解釋。可借助GO、KEGG、Reactome等數(shù)據(jù)庫(kù)，開(kāi)展功能注釋與通路富集分析，揭示其參與的生物過(guò)程、分子功能或信號(hào)通路。同時(shí)，利用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建蛋白互作網(wǎng)絡(luò)（PPI），識(shí)別關(guān)鍵調(diào)控節(jié)點(diǎn)（Hub Proteins），并通過(guò)Cytoscape進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)可視化與模塊分析。

Bottom-Updànbáizhì組學(xué)數(shù)據(jù)分析流程覆蓋從樣本到生物學(xué)解讀的全鏈路。每一環(huán)節(jié)的優(yōu)化都將直接影響數(shù)據(jù)的深度與可信度。借助百泰派克生物科技在樣本處理、質(zhì)譜平臺(tái)和生信分析方面的綜合優(yōu)勢(shì)，研究人員可以專注于科學(xué)問(wèn)題本身，而非數(shù)據(jù)處理細(xì)節(jié)。如您有dànbáizhì組學(xué)項(xiàng)目需求，歡迎咨詢我們定制高通量、高準(zhǔn)確率的質(zhì)譜解決方案！

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上*的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)*，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問(wèn)題?？稍趩渭?xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過(guò)我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過(guò)CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù)；

2.獲國(guó)家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái)，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

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