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當前位置:北京百泰派克生物科技有限公司>>檢測技術(shù)服務>>蛋白分析>> 優(yōu)化PRM定量蛋白質(zhì)組學,實現(xiàn)高靈敏度低
產(chǎn)品型號
品 牌百泰派克
廠商性質(zhì)其他
所 在 地北京市
更新時間:2025-06-04 10:47:26瀏覽次數(shù):133次
聯(lián)系我時,請告知來自 化工儀器網(wǎng)Bottom-Up蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)分析流程
糖蛋白質(zhì)組學定量分析的原理與常用技術(shù)解析
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在疾病早篩、生物標志物驗證及藥物靶點發(fā)現(xiàn)等研究中,低豐度蛋白的jīngzhǔn檢測一直是dànbáizhì組學領域的核心挑戰(zhàn)。并行反應監(jiān)測(Parallel Reaction Monitoring, PRM)技術(shù),憑借其出色的定量準確性和特異性,正在成為靶向dànbáizhì組學研究的主流策略。通過系統(tǒng)優(yōu)化PRM策略,科學家們正不斷突破檢測靈敏度的極限,推動低豐度蛋白的高質(zhì)量定量分析。
一、PRM技術(shù)原理
PRM是一種基于高分辨率質(zhì)譜(如Orbitrap)平臺的靶向定量方法,與多反應監(jiān)測(MRM)相比,其無需預先選擇碎片離子,可同時監(jiān)測目標肽段的所有產(chǎn)物離子,極大提升了定量的特異性與通量。
二、PRM的核心優(yōu)勢
→ 高選擇性:借助高分辨率、高精度的質(zhì)譜平臺,有效區(qū)分同分異構(gòu)體或背景干擾信號;
→ 高通量兼容性:支持多靶點并行監(jiān)測,適用于復雜樣本的多標志物分析;
→ 簡化方法開發(fā):不同于MRM需優(yōu)化多個過渡離子,PRM方法建立更為高效、穩(wěn)定。
然而,在應用PRM檢測低豐度蛋白時,依舊面臨諸如信號弱、離子抑制效應、肽段選擇不當?shù)戎T多技術(shù)難題。
優(yōu)化策略一:前處理流程精細化,提升靶肽富集效率
低豐度蛋白常常埋藏在高豐度背景(如白蛋白、免疫球蛋白)中,前處理效率直接決定其能否被成功捕獲。當前,提升樣本準備環(huán)節(jié)的富集效果,已成為優(yōu)化PRM定量的關鍵前提。
※ 常見優(yōu)化手段包括:
→ 高豐度蛋白去除(HAP depletion):采用免疫親和柱或磁珠法選擇性去除血清/血漿中的高豐度成分;
→ 目標蛋白富集技術(shù):如免疫沉淀(IP)、親和捕獲或磁珠結(jié)合肽段選擇技術(shù)(SISCAPA);
→ 微量樣本預處理平臺:利用微流控芯片、自動化平臺減少樣本損耗,提升靶標回收率。
優(yōu)化策略二:肽段篩選與標準品設計的科學性
PRM定量依賴于對特異性肽段的jīngzhǔn識別與監(jiān)測。若靶肽在酶切效率、離子化能力或保留時間等方面表現(xiàn)欠佳,容易導致定量偏差。
※ 優(yōu)化肽段選擇的原則包括:
→ 肽段應wéiyī對應目標蛋白,無同源性干擾;
→ 應避免含有修飾位點、易氧化的氨基酸(如Met、Cys);
→ 應具備良好的MS響應、穩(wěn)定的保留時間和酶切效率。
此外,采用穩(wěn)定同位素標記肽段(SIS peptides)作為內(nèi)標,可顯著提升定量準確性,尤其是在復雜背景下的低豐度蛋白分析中發(fā)揮作用。
優(yōu)化策略三:質(zhì)譜參數(shù)調(diào)優(yōu)與儀器平臺選擇
質(zhì)譜參數(shù)設置是決定PRM靈敏度的“zuì后一公里"。合理優(yōu)化采集窗口、碰撞能量(CE)和離子積累時間(IT),有助于強化目標信號、抑制背景干擾。
※ 常見優(yōu)化方向包括:
→ 采集窗口精細化:縮短或錯開監(jiān)測窗口,避免信號重疊;
→ 增強離子聚集時間:適度延長IT以增強信號,但需平衡采樣周期;
→ 多級篩選精度調(diào)節(jié):在Orbitrap平臺上調(diào)節(jié)分辨率與掃描速度的權(quán)衡,提升數(shù)據(jù)質(zhì)量。
優(yōu)化策略四:數(shù)據(jù)分析算法賦能,jīngzhǔn挖掘低信號
對于低豐度信號的提取與判別,傳統(tǒng)分析軟件易受干擾峰影響而產(chǎn)生假陽性或漏報。借助人工智能與深度學習算法的新一代數(shù)據(jù)處理平臺,正在為PRM數(shù)據(jù)賦予更強的靈敏度與可重復性。
※ 例如:
→ Skyline軟件支持自定義靶點、校準線繪制及多批次對比;
→ DIA-NN、Spectronaut等AI工具提升背景建模能力,優(yōu)化信噪比;
→ 多指標數(shù)據(jù)整合:將肽段豐度、保留時間穩(wěn)定性與多肽冗余信息綜合打分,提升定量置信度。
PRM定量dànbáizhì組學正在成為jīngquè醫(yī)學研究的關鍵技術(shù)之一。通過在樣本準備、肽段設計、質(zhì)譜采集及數(shù)據(jù)處理等環(huán)節(jié)的系統(tǒng)優(yōu)化,科學家正不斷拓展低豐度蛋白的檢測邊界。百泰派克生物科技致力于為科研客戶提供高靈敏、高準確、高重現(xiàn)性的PRM定量解決方案。無論是早期標志物驗證,還是靶向蛋白通量監(jiān)測,我們都能提供從項目設計到交付的全流程一站式服務。歡迎聯(lián)系百泰派克,獲取定制化靶向dànbáizhì組學項目方案,讓jīngzhǔn定量更進一步!
百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析,提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務,包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析,N端測序,C端測序和全序列分析,以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì,提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務,對蛋白序列進行分析。
※服務優(yōu)勢:
1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;
2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;
3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;
4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;
5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug,即可完成檢測;
6.測序不受N端封閉,PEC和和糖基化等N端修飾的影響。
百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC,提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外,百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務,助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作。
※服務優(yōu)勢:
1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析,發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;
2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標記方法,適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;
3.質(zhì)譜分析靈敏度高,實驗結(jié)果重復度高;
4.可檢測較低豐度蛋白,線性范圍廣;
5.zhuānyè生物信息學分析,分析更系統(tǒng)準確。
百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進行單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析,采用金屬元素標記物(通常是金屬元素標記的特異抗體)標記細胞表面和內(nèi)部的分子,然后用流式細胞原理分離單個細胞,再用電感耦合等離子體質(zhì)譜(ICP-MS)分析單個細胞的原子質(zhì)量譜,zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。
※服務優(yōu)勢:
1.技術(shù)優(yōu)良,*技術(shù)空白
采用金屬標記抗體技術(shù),避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題??稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征,百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。
2.分析數(shù)量大,成本較低
單細胞RNAseq受成本等因素限制,所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右,而流式質(zhì)譜技術(shù)一次(單樣本)就可分析至少10^5的細胞,實現(xiàn)了數(shù)量級的提高,且成本不高于單細胞RNAseq。
3.應用前景大
①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細胞亞群的變化,在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景;
②將金屬標簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應用方向。除常規(guī)蛋白外,質(zhì)譜流式細胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾;
③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。
百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析,可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規(guī)模的研究,旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案,深入挖掘未知的靶標。
百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù),MALDI TOF,高效色譜分離技術(shù),提供一系列完善的生物藥物分析方案,從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析,到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務,幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。
北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導原則,通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認證,建立了完備的質(zhì)量體系,數(shù)據(jù)冷熱/異地備份,設備定期計量/期間核查,軟件審計追蹤,為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務,支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。
1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系,zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎的CRO檢測分析服務;
2.獲國家CNAS實驗室認可,為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務;
3.業(yè)務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學生物質(zhì)譜整合分析等;
4.七大質(zhì)量控制檢測平臺,滿足您一站式服務需求;
5.服務3000+企業(yè),10000+客戶的選擇;
6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務!
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