微生物鉴定及药敏测试系统依据表型特征的表达来区分不同微生物间的差异，是经典的微生物分类鉴定法，以微生物细胞的形态和习性表型为主要指标，通过比较微生物的菌落形态、理化特征和特征化学成分与典型微生物的差异进行鉴别。
微生物鉴定及药敏测试系统的基本程序包括分离纯化和鉴定，鉴定时一般先将待检菌进行初步的分类。鉴定的方法有表型微生物鉴定和基因型微生物鉴定，根据所需要达到的鉴定水平选择鉴定方法。目前实验室室进行表型微生物鉴定后可以用API试剂条进行或其他等效的试剂条进行菌种鉴定，如API试剂条鉴定不能满足要求时采取委外鉴定。
微生物检验过程中检出的微生物应该进行微生物鉴定，虽然药典里明确了鉴定到什么水平的标准和一些基础内容操作方法。但是因为实验室能力有限，很多实验室要么稀里糊涂的要么委外。其实我们一般微生物实验室自己还是可以做一些工作，特别是细菌的鉴定。再就是菌种鉴定时，不是直接拿来就鉴定，需要一些预先做一些处理或判断。
微生物鉴定先要待检培养物的分离纯化，常用的分离纯化方法是挑去待检菌的纯培养物（单个菌落），必要时可进一步进行纯培养，为表型鉴定和随后的鉴定程序提供足够量的菌体。
从药物原材料、制药用水、生产环境、中间产品和产品的样品中检出的受损微生物，经分离纯化程序使其由不利生存易产生变化的状态变为在营养富集和适合的培养温度条件下生存的稳定状态，以保证鉴定结果的准确性
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