微生物快速鉴定质谱可以鉴定的微生物的种类繁多，要快速定性定量检测传统的方法确实是很有难度的，要准确快速地检测还是要选质谱鉴定的方法。质谱鉴定之所以准确的原因是因为质谱可以通过鉴定微生物代谢组来确定微生物的种类。
许多亚型的基因，甚至蛋白组可能高度类似，而代谢组作为一个微生物直接的功能表型，是区分微生物种类直接的手段。而且质谱相比传统PCR鉴定也更有效，质谱的精度很高，只需要微量样品，而且对于定性微生物鉴定也不需要知晓微生物的信息，直接通过代谢即可判定微生物是否为同一类。
激光激发靶板上的细菌与基质让细菌的蛋白在真空的飞行管中。微生物快速鉴定质谱检测器通过检测蛋白飞行时间的不同来建立一个曲线图谱进而与数据库中的信息比对，得出可能的菌的种。
目前微生物室使用的质谱都为此类，结果一般按照系统比对情况按照评分列出名单，一般为评分高的（但要保证评分1.5／1.6以上才可取用，且评分规则为国际上的标准）。
质谱分析是一种通过测量离子质荷比（质量－电荷比），从而确定其质量的分析方法（通俗点讲，质谱就是一种类型的“秤”，只不过它称量的是离子的质量），在众多的分析测试方法中被认为是一种同时具备高特异性和高灵敏度且得到了广泛应用的普适性方法。
质谱仪器一般由进样系统、离子源、质量分析器、检测器、数据处理系统等部分组成。由于进样方式、离子源、质量分析器等的不同，质谱仪分为不同的种类，临床上常见的有液相色谱串联质谱（LC－MS－MS）、气相色谱串联质谱（GC－MS－MS）、电感耦合等离子体质谱（ICP－MS）、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI－TOFMS）等等。
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