微生物快速鉴定质谱是一种利用静电场加速离子后，以离子飞行速度差异来分析离子质荷比的仪器，与脉冲激光源基质辅助激光解吸电离配合，组成了飞行时间质谱。MALDI软电离技术的发展，使得质谱成为检测生物大分子的重要手段。随着技术的不断改善，质谱已经成为生命科学中的重要工具，发展以质谱为核心的临床检测、分子诊疗新技术是实现现代医学的重要途径。
质谱目前应用在微生物检验上的为飞行时间质谱，质谱目前应用在微生物检验上的为飞行时间质谱，就是这种质谱。主要用于细菌、酵母样菌、丝状真菌和分枝杆菌等检测。具有快速、准确、高通量等特点，拥有超过4000菌种数据的中国本土化微生物数据库。
仪器工作时，激光激发靶板上的细菌与基质让细菌的蛋白在真空的飞行管中。检测器通过检测蛋白飞行时间的不同来建立一个曲线图谱进而与数据库中的信息比对，得出可能的菌的种。
由于质量解析度受限于离子位置分散，速度分散和方向角度分散三个因素影响，相同质核比的离子从离子源出来时，由于离子封包大其初始位置，初速度，射出方向上的差异都会影响离子解析度和准确度，另外飞行管的长度不能过长，由于检测器面积是一定的，过长的飞行管会使离子在的扩散角的问题导致撞击检测器的数量减少，同时撞击气体分子的可能越大，灵敏度变差。
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