微生物快速鉴定质谱一般由样品导入系统、离子源、质量分析器和检测器组成，此外，还含有真空系统和控制及数据处理系统等辅助设备。
由于应用特点不同又分为：
1、液相色谱-质谱联用仪（LC-MS）
同样，有液相色谱-四器极质谱仪、液相色谱-离子阱质谱仪、液相色谱-飞行时间质谱仪，以及各种各样的液相色谱-质谱-质谱联用仪。
2、气相色谱-质谱联用仪（GC-MS）
在这类仪器中，由于质谱仪质谱仪工作原理不同，又有气相色谱-四极质谱仪、气相色谱-飞行时间质谱仪、气相色谱-离子阱质谱仪等。
3、其他有机质谱仪
主要有：基质辅助激光解吸飞行时间质谱仪（MALDI-TOFMS）、傅里叶变换质谱仪（FT-MS）。
微生物快速鉴定质谱是根据电离物质的质荷比(初速度相同，质荷比相同，经受相同的电场或磁场，则偏转角相同)，鉴别物质的分析技术。AMS的优点是灵敏度和辨别度高。其步骤多，视作多级离子过滤器：
1、进入串列加速器加速，中间有个薄膜剥离装置，剥离离子的电子进行改性，使得离子在前半段和后半段都加速，而分子通过时发生破碎(排除对的影响)；
2、利用离子探测器分辨离子（电离室、飞行时间谱仪等）；
3、通过二级质谱计，质量分离（分子碎片被排除）；
4、溅射负离子源，分离同量异位素(如使用铯溅射负离子源，排除大部分对的影响）；
5、通过初级质谱计，质量分离。
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