哺乳動(dòng)物中最主要的DNA修飾是5mC(5-甲基胞嘧啶),占人類DNA中總胞嘧啶的3%～6%。相反,5mC在原核生物中很少,而6mA(N6-甲基腺嘌呤,對(duì)應(yīng)RNA上的修飾成為m6A,請(qǐng)注意區(qū)分)則是原核生物中代表性的DNA修飾,主要參與限制-修飾系統(tǒng)(restriction-modification),保護(hù)個(gè)體免受外來(lái)DNA的侵入,盡管哺乳動(dòng)物中缺乏已知的限制-修飾系統(tǒng),但近年來(lái)的研究在真核生物,甚至包括哺乳動(dòng)物和植物基因組中鑒定到了6mA,并發(fā)現(xiàn)6mA在生長(zhǎng)發(fā)育和疾病調(diào)控中具有重要作用。該技術(shù)利用DNA 6mA修飾特異的抗體對(duì)基因組上發(fā)生6mA修飾的區(qū)域進(jìn)行富集,結(jié)合高通量測(cè)序,對(duì)基因組上的6mA修飾進(jìn)行定位。

技術(shù)優(yōu)勢(shì)：

?  檢測(cè)范圍廣：在全基因組范圍進(jìn)行檢測(cè)。

?  針對(duì)性強(qiáng)：針對(duì)基因組上有6mA修飾的區(qū)域進(jìn)行檢測(cè),降低測(cè)序量,減少成本。

?  適用范圍廣：適用于大部分物種。

實(shí)驗(yàn)策略：

基因組DNA→樣本檢測(cè)→打斷→接頭連接→抗體富集→PCR擴(kuò)增→文庫(kù)質(zhì)控→上機(jī)測(cè)序

分析內(nèi)容：

注：個(gè)性化分析、多組學(xué)關(guān)聯(lián)分析請(qǐng)聯(lián)系對(duì)接銷售或技術(shù)支持

送樣要求：

經(jīng)典案例

果蠅胚胎發(fā)育早期6mA圖譜的繪制及6mA結(jié)合蛋白的鑒定

6mA-DNA-binding factor Jumu controls maternalto-zygotic transition upstream of Zelda

1、背景

在胚胎發(fā)育早期，合子基因組如何精確地被母本因子激活，從而實(shí)現(xiàn)正常的胚胎發(fā)育，是一個(gè)長(zhǎng)期存在的問(wèn)題。

2、方法

利用6mA-seq技術(shù)繪制了果蠅胚胎發(fā)育早期的6mA圖譜，并通過(guò)6mA修飾區(qū)域的motif的分析，鑒定出胚胎發(fā)育早期關(guān)鍵的6mA結(jié)合蛋白。

3、結(jié)論

繪制了果蠅胚胎發(fā)育早期6mA圖譜；6mA結(jié)合蛋白Jumu可能通過(guò)調(diào)節(jié)Zelda的表達(dá)而在合子基因組激活過(guò)程中起到重要作用。

參考文獻(xiàn)：

①     DOI:10.1038/s41467-019-10202-3