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16S、18S、ITS 16s 18s ITS擴(kuò)增子測序技術(shù)
- 公司名稱 深圳市易基因科技有限公司
- 品牌 其他品牌
- 型號 16S、18S、ITS
- 產(chǎn)地
- 廠商性質(zhì) 生產(chǎn)廠家
- 更新時(shí)間 2025/4/17 16:53:57
- 訪問次數(shù) 48
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擴(kuò)增子測序主要是針對有一定物種區(qū)分度的基因片段的PCR產(chǎn)物進(jìn)行測序分析。針對不同的研究目的和需求,易基因提供三種擴(kuò)增子測序產(chǎn)品:16S rDNA測序、18S rDNA測序、ITS測序。
16S rDNA測序:16S rDNA為原核生物核糖體小亞基rRNA的DNA編碼序列,結(jié)構(gòu)穩(wěn)定,具有9個(gè)高可變區(qū)(右圖，vl-v9)和10個(gè)保守區(qū)。高可變區(qū)具有良好的物種特異性,對若干高可變區(qū)進(jìn)行測序可以在一定分類水平上解析細(xì)菌或者古菌的群落結(jié)構(gòu)多樣性。
18S rDNA測序:18S rDNA為真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA編碼序列,同樣也具備高可變區(qū)(右圖,v1-v9,缺少v6區(qū))與保守區(qū),對18S rDNA的高可變區(qū)進(jìn)行測序,可研究樣本中真核微生物的群落結(jié)構(gòu)多樣性。
ITS測序: ITS序列主要用于研究真菌群落多樣性,檢測區(qū)域分為位干真核生物rDNA18S和5.8S之間的ITS1席列以及位干真核生物rDNA5.8S和28S之間的ITS2序列。
技術(shù)優(yōu)勢：
? 應(yīng)用范圍廣：適用于宿主微生態(tài)系統(tǒng)及自然環(huán)境微生態(tài)系統(tǒng)研究；
? 分析周期短：擴(kuò)增子測序數(shù)據(jù)量較少,分析周期較短；
? 低起始量：由于存在目標(biāo)區(qū)域的PCR擴(kuò)增過程,因此對樣本DNA總量需求較少；
? 低成本功能預(yù)測：針對宿主微生態(tài)系統(tǒng)及自然環(huán)境微生態(tài)系統(tǒng)采用不同的功能預(yù)測軟件進(jìn)行群落功能預(yù)測分析。
實(shí)驗(yàn)策略：
樣本準(zhǔn)備→DNA提取及質(zhì)檢→目標(biāo)區(qū)域PCR擴(kuò)增→PCR產(chǎn)物純化→文庫制備及質(zhì)檢→上機(jī)測序
分析內(nèi)容：
注：個(gè)性化分析、多組學(xué)關(guān)聯(lián)分析請聯(lián)系對接銷售或技術(shù)支持
送樣要求：
送樣要求 | 項(xiàng)目周期 |
? 樣本直接運(yùn)輸(干冰):糞便≥0.5g;土壤、底泥等≥3g;水樣需微孔濾膜過濾后送樣；拭子≥2個(gè); ? 樣品DNA運(yùn)輸(干冰):總量≥400ng,濃度≥20ng/μl, OD260/280=1.8～2.0;DNA無明顯降解,需提供凝膠電泳檢測膠圖; ? 測序策略:PE250; ? 其他注意事項(xiàng): 1）最終DNA量以我司的檢測結(jié)果為準(zhǔn); 2）若DNA總量超過樣品要求,可以進(jìn)行樣品保存:項(xiàng)目完成后,將不再保存剩余樣品。 | 20個(gè)樣本以下標(biāo)準(zhǔn)流程的運(yùn)轉(zhuǎn)周期約為36個(gè)工作日。遇到樣本數(shù)目較多時(shí)，項(xiàng)目周期需要與技術(shù)支持人員確定。 |
經(jīng)典案例
坦桑尼亞哈扎人采集者腸道微生物的季節(jié)變化
Smits S A, Leach y, Sonnenburg E D, et al. Seasonal cycling in the gut microbiome of the Hadza hunter-gatherers ofTanzania.yl.Science,2017,357(6353):802-806
1、背景
坦桑尼亞的哈扎人是世界上僅存的部落,以采集方式生存繁衍。哈扎人的飲食結(jié)構(gòu)比較單一,未受到現(xiàn)代工業(yè)文明的影響他們的飲食結(jié)構(gòu)在旱季主要以植物塊莖為食,在雨季會更多的食用蜂蜜和漿果,季節(jié)性特征相當(dāng)顯著。這種飲食結(jié)構(gòu)導(dǎo)致他們的腸道微生物菌群易于對食物中的粗纖維進(jìn)行消化。之前的研究也表明,哈扎人男性與女性由于分工不同,體內(nèi)的腸道微生物菌群也有很大不同。腸道菌群幫助人類在數(shù)百萬年的進(jìn)化過程中適應(yīng)對不同種類食物的消化。本研究以哈扎人采集者腸道菌群為研究對象,其中一部分工作是利用16S rDNA測序進(jìn)行菌群結(jié)構(gòu)季節(jié)性周期變化規(guī)律的分析。
2、方法
該研究在不同季節(jié)收集了來自188個(gè)哈扎人的350個(gè)糞便樣本及飲食數(shù)據(jù)利用16SrDNA測序技術(shù)進(jìn)行菌群分析。
3、結(jié)論
作者對哈扎人腸道微生物菌群進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)哈扎人腸道微生物菌群具有周期性和季節(jié)不同性。其中,在旱季和雨季的間隙,哈扎人腸道中70%的擬桿菌會消失,但在這段時(shí)間之后,這些擬桿菌會重新出現(xiàn)。在哈扎人的腸道中,Prevotellaceae,Spirochaetes,Succinivibrionaceae,Lachnospiraceae四個(gè)科的細(xì)菌受季節(jié)改變顯著。同時(shí),將哈扎人腸道微生物菌群與來自于16個(gè)國家18個(gè)人群的微生物菌群進(jìn)行比較發(fā)現(xiàn)工業(yè)化地區(qū)擬桿菌在菌群中占比21%,顯著高于傳統(tǒng)食物地區(qū)擬桿菌在菌群中占比0.8%。
參考文獻(xiàn)：
① DOI:10.1126/science.aan4834
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