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半自动光刻机是半导体制造等领域的关键设备，虽在一定程度上实现了自动化曝光，但仍需人工参与部分操作，存在生产效率低、对准精度有限、工艺均匀性差等缺点，具体如下：
生产效率较低：半自动光刻机需要人工进行上片、下片以及部分对准等操作。这些人工操作环节耗时较长，且容易受到操作人员熟练程度的影响，难以实现连续快速的生产，无法满足大规模工业化生产的需求。
对准精度有限：尽管半自动光刻机可以通过电动轴根据CCD进行定位调谐，但人工参与对准过程仍不可避免地会引入人为误差。与全自动光刻机相比，其套刻精度通常较高，一般≥1μm，难以满足更高精度的光刻需求，如先进集成电路制造中的纳米级光刻工艺。
工艺均匀性差：涂胶和显影等步骤在半自动光刻机中可能需要手动完成，这容易导致光刻胶厚度不均匀或显影效果不一致，影响光刻图形的质量和一致性，进而影响产品的性能和良率。
掩模易损耗：部分半自动光刻机采用接触式曝光方式，即掩模直接接触光刻胶，这种方式虽然能获得较高的分辨率，但每次曝光都会对掩模造成一定程度的磨损，长期使用会导致掩模图形失真，影响光刻精度，同时也增加了掩模的更换成本和维护工作量。
灵活性不足：一些半自动光刻机在硅片移动方面灵活性较差，不能对硅片进行多方位的精确移动，且硅片的定位结构可能会对硅片造成磨损，同时设备内部的除尘效果可能不理想，影响光刻的精准度。
操作人员要求高：由于需要人工参与部分操作，操作人员需要具备一定的专业知识和操作技能，才能正确完成上片、对准等步骤，否则容易因操作不当导致设备故障或产品质量问题。此外，操作人员还需要时刻关注设备运行状态，劳动强度相对较大。
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