實時熒光定量PCR（Real-time Quantitative PCR, qPCR）的化學(xué)原理主要包括兩種類型：探針類和非探針類。其中，探針類方法具體包括：

TaqMan 探針法：

原理：在PCR反應(yīng)體系中，加入一對引物的同時再加入一個特異性的熒光探針。探針兩端分別標(biāo)記一個熒光報告基團(tuán)和一個淬滅基團(tuán)。探針完整時，報告基團(tuán)發(fā)射的熒光信號被淬滅基團(tuán)吸收，PCR儀檢測不到熒光信號；PCR擴(kuò)增時，Taq酶的5' - 3'外切酶活性將探針酶切降解，使報告熒光基團(tuán)和淬滅熒光基團(tuán)分離，從而熒光監(jiān)測系統(tǒng)可接收到熒光信號，實現(xiàn)了熒光信號的累積與PCR產(chǎn)物形成全同步，這是定量的基礎(chǔ)。

優(yōu)點：具有高度特異性，重復(fù)性好，熒光信號強(qiáng)，適合進(jìn)行基因拷貝數(shù)的確定，尤其是在臨床診斷中，如病毒和病原菌定量檢測。

缺點：只適合一個特定的目標(biāo)，探針價格較高。

分子信標(biāo)技術(shù)：

原理：分子信標(biāo)是一種發(fā)夾結(jié)構(gòu)的熒光探針，兩端分別標(biāo)記有報告基團(tuán)和淬滅基團(tuán)。在游離狀態(tài)下，報告基團(tuán)與淬滅基團(tuán)靠近，熒光信號被淬滅。當(dāng)與目標(biāo)序列結(jié)合時，發(fā)夾結(jié)構(gòu)打開，報告基團(tuán)與淬滅基團(tuán)分離，發(fā)出熒光信號。

優(yōu)點：具有高度特異性，能夠區(qū)分成熟microRNA分子和前體分子以及其它成熟microRNA的同源分子，適用于高通量的SNP檢測。

缺點：設(shè)計復(fù)雜，需要特定的序列信息。

FRET（熒光共振能量轉(zhuǎn)移）技術(shù)：

原理：利用兩個熒光基團(tuán)之間的能量轉(zhuǎn)移來檢測PCR產(chǎn)物。一個基團(tuán)作為供體，另一個作為受體。當(dāng)它們在一定距離內(nèi)時，供體的熒光能量可以轉(zhuǎn)移到受體，產(chǎn)生特定的熒光信號。

優(yōu)點：可以實現(xiàn)多重反應(yīng)，適用于同時檢測多個基因。

缺點：設(shè)計和應(yīng)用相對復(fù)雜。

這些探針類方法通過特異性地結(jié)合或檢測PCR產(chǎn)物，提供了高度的特異性和準(zhǔn)確性，但通常需要設(shè)計特定的探針，且成本相對較高。