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浮游菌采样器宜采用撞击法机理的采样器，一般采用狭缝式采样器或离心式采样器。
采用的浮游菌采样器必须要有流量计和定时器。
狭缝式采样器的原理：
狭缝式采样器由附加的真空抽气泵抽气，通过采样器的缝隙式平板，将采集的空气喷射并撞击到缓慢旋转的平板培养基表面上，附着的活微生物粒子经培养后形成菌落，予以计数。
离心式采样器的原理：
离心式采样器由于内部风机的高速旋转，气流从采样器前部吸入从后部流出，在离心力的作用下，空气中的活微生物粒子有足够的时间撞击到专用的固形培养条上，经培养后形成菌落，予以计数。
狭缝式采样器的使用要点
应严格按仪器说明书的要求进行操作。
浮游菌采样的一般步骤是首先在测试前对采样仪器能与样气接触的表面以及培养皿表面进行严格消毒，其次消毒完成后在不放入培养皿的前提下进行时间不小于5min的消毒剂蒸发过程，第三步设计采样流量和时间，采样口置于采样点进行采样。沉降菌采样的一般步骤则比较简单，在采样过程中只用到培养皿。其一般过程包括一、测试前培养皿表面的严格消毒；二、将培养皿按照采样布点放置，而下一步便是暴露采样，其中规定了静态测试时暴露时间大于30min，动态测试时暴露时间不大于4h。采样完毕后，两者的操作步骤相同，均在培养箱中恒温培养一定时间，然后进行菌落计数。
而测试规则中规定了测试条件、测试状态、测试时间以及采样布点等的具体要求。测试条件要求在测试前应对洁净室（区）进行预先测试，以便提供测试悬浮粒子的环境条件，其中规定了在无特殊要求时，环境的温度在18-26℃，相对湿度在45-65%为宜。
采样前的准备工作：
1、被测试手术室(洁净室)温、湿度须达到规定的要求；静压差、换气次数、空气流速必须控制在规定值内。
2、对单向流测试应在净化空调系统正常运行不少于10min；非单向流不少于30min后开始。
3、静态测试时，室内人员不多于2人。采样时测试人员应在采样口下风侧。
4、测试人员应按无菌操作规程进行。采取一切措施防止采样口的污染和其它人为对样本的污染。
5、测试人员必须穿戴符合洁净级别的洁净服。
6、浮游菌测试前，被测手术室(洁净室)已经过消毒。
操作方法：
1、将采样器放置在工作台面上，用采样口直接采样。如测量位置较高可使用采样管，把管子延伸到所要采样的空间。
2、打开电源通电，根据选择的周期按设置键。设置键可设置1~10、20、30~90分钟分18档调节，即每按1次设置键，增加10分钟。
3、将盛有培养基的培养皿置于转盘上，放上外罩，压紧压块使之外罩与底座密封。
4、调节刻度盘，旋转调节钮，使狭缝与培养基保持在2mm距离。
5、按启动键，本机待机15秒后，泵开始抽气，转盘开始360°旋转，调节流量旋钮，使流量计浮子上端与50L刻度线相平。采样完成，拧下外罩，迅速把平皿上盖盖上并取出，并按上述方法放入新的平皿进行第二次采样（若使用采样管，则换上预先消毒过的第二根采样管）。
6、取出的平皿放置30~35℃培养箱培养，2天后计数。
7、使用完毕后，填写《检验仪器设备使用记录》。
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