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硅胶因其优良的机械强度和表面易改性等特征，已成为应用广泛的色谱柱填料。硅胶柱具有柱效高、选择性好及分析速度快等特点，因而被广泛用于分离极性小分子如药物，而用于糖、肽或蛋白质分离较少。
硅胶色谱柱主要是通过硅胶的硅羟基吸附能力进行物质的分离，填充颗粒主要是硅胶，所用溶剂常见的是乙酸乙酯，石油醚，不能使用水，对于极性差别比较大的物质分离效果好。
硅胶色谱柱使用方法：
1、称量
200-300目硅胶，称30-70倍于上样量；如果极难分，也可以用100倍量的硅胶H。干硅胶的视密度在0.4左右，所以要称40g硅胶，用烧杯量100ml也可以。
2.搅成匀浆
加入干硅胶体积一倍的溶剂用玻璃棒充分搅拌。如果洗脱剂是石油醚/乙酸乙酯/丙酮体系，就用石油醚拌。
3.装柱
将柱底用棉花塞紧，不*海沙，加入约1/3体积石油醚，装上蓄液球，打开柱下活塞，将匀浆一次倾入蓄液球内。随着沉降，会有一些硅胶沾在蓄液球内，用石油醚将其冲入柱中。
4.压实
沉降完成后，加入更多的石油醚，用双联球或气泵加压，直至流速恒定。柱床约被压缩至9/10体积。无论走常压柱或加压柱，都应进行这一步，可使分离度提高很多，且可以避免过柱时由于柱床产生开裂。
5.上样
干法湿法都可以。海沙是没必要的。上样后，加入一些洗脱剂，再将一团脱脂棉塞至接近硅胶表面。然后就可以放心地加入大量洗脱剂，而不会冲坏硅胶表面。
6.过柱和收集
柱层析实际上是在扩散和分离之间的权衡。太低的洗脱强度并不好，推荐用梯度洗脱。收集的例子：10mg上样量，1g硅胶H，0.5ml收一馏分；1-2g上样量，50g硅胶（200-300目），20-50ml收一馏分。
7.检测
要更多地使用专用喷显剂，如果仅用紫外灯，会损失较多产品，紫外的灵敏度一般比喷显剂低1-2个数量级。
8.送谱
收集的产品旋干，在送谱前通常需要重结晶。如果样品太少或为液体，可过一小凝胶柱，作为送谱前的最后纯化手段。可除去氢谱1.5ppm左右所谓的“硅胶”峰。
高纯硅胶色谱柱的储存方法：
1、避免用纯净水冲洗键合致密的C18柱。
2、防止缓冲溶液和水溶液流动相产生微生物，做到流动相用多少配多少，或在水流动相中加200ppm的叠氮钠以抑制细菌成长或在流动相中加20%的有机改性剂，也可抑制微生物生长，有机改性剂还有助于流动相脱气。
3、使用缓冲溶液后的产品，应用15～20倍柱体积的不含缓冲剂的同种水—有机溶剂流动相冲洗色谱柱，后换成有机溶剂储存。
4、将两端用堵头拧好，以免柱床填料干裂。
5、尽可能将色谱柱贮存于*有机溶剂中，避免在缓冲溶液中保存。
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