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为了气相色谱质谱联用仪的正常工作，必须要组成高真空系统的真空室。仪器使用了高性能的涡轮分子泵与前级真空泵构成两级真空机组以确保所需的真空。被分析样品经毛细管柱分离，进入离子源，采用电子电力标准配置(EI)，产生正离子，在推斥、聚焦、引出电极的作用下将正离子送入四极杆系统。四极杆在高频电压与正负电压联合作用下形成高频电场，在扫描电压作用下，只有符合四极场运动方程的离子才能通过四极杆对称中心到达离子检测器，再经离子流放大器放大，产生质谱信号。得到了质谱图，通过解释谱图或进行谱库检索以识别未知样品的组成。
待分析样品通过载气（氢气或氦气）经过GC色谱柱得到初步分离，从色谱柱流出的各组分经过GC-MS接口?？榇浣隡S模块的离子源单元，在这里各组分被离子化形成离子，进而被MS?？橹械闹柿糠治龇治觯治龌竦玫氖萦蒅C-MS平台的数据处理?？榻写怼⑾允?，并进行数据库搜索和比对。气相色谱质谱联用仪整个分析过程所涉及到的流程处理顺序均由GC-MS平台的仪器控制?？榻锌刂坪托?。
气相色谱质谱联用仪气相色谱法–质谱法联用是一种结合气相色谱和质谱的特性，在试样中鉴别不同物质的方法。其主要应用于工业检测、食品安全、环境?；さ戎诙嗔煊?。如农药残留、食品添加剂等；纺织品检测如禁用偶氮染料、含氯苯酚检测等?；逼芳觳馊缍裢?，香精香料检测等；电子电器产品检测，如多溴联苯、多溴联苯醚检测等；物证检验中可能涉及各种各样的复杂化合物，气质联用仪器对于这些司法鉴定过程中复杂化合物的定性定量分析提供强有力的支持。
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