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水是生命之源，是非常宝贵的自然资源，尤其是人类身边的水源。水的质量直接关系到每个人的生命健康。在中国大部分地区，生活用水受到工厂废水、人畜粪便的污染。由这些因素引起的水污染中微生物种类繁多，包括腐蚀性微生物和病原微生物。腐蚀性微生物主要起到分解废物的作用，一般对人体无害。但病原微生物会对人体造成很大危害，一般会引起病毒感染，如普通霍乱、伤寒、细菌性痢疾、传染性肝炎等。因此，有必要对人类生活中的水和水源进行相关的微生物检测。水中微生物检测的检查主要包括细菌总数和大肠菌群的测定两项。水中有害细菌的数量可以作为判断水质是否被污染的标准。细菌越多，种类越广，水污染越严重。细菌总数是指1毫升水样在普通琼脂培养基上37℃培养24小时得到的平板细菌总数。
再生水在生活中的应用非常广泛，水质问题也越来越严重。要了解水质变化的具体情况，水中微生物检测是一种比较直观的方法，因为水污染产生的大量有机物可以培养各种微生物。另外，生活中如果不能有效进行，也会造成一些健康问题。特别是在一些食品行业，水中的微生物来源较多，主要来自被人或动物粪便污染的水体，可能导致肠道传染病的传播，造成较大的健康风险。此外，水体中微生物过多也会导致大量藻类生长，导致水中氧气不足，导致鱼虾因缺氧而死亡。因此，应定期检测水中的微生物。
水中微生物检测主要针对常见和致病菌，如肠道总菌群、粪大肠菌群、大肠埃希菌、肠球菌、绿脓杆菌、隐孢子虫、菌落总数等，主要目的是防止影响过多的微生物对水质的影响。不使用的行业对水质中微生物的检测指标要求不同。
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