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影响色谱柱性能因素有:
一、物理因素：
(1) 硅胶纯度：硅胶纯度和残留金属离子浓度，硅胶的杂质会影响化合物的峰形，硅胶表面的金属含量高会影响碱性化合物的峰形，易发生拖尾。
(2) 色谱柱尺寸填料床的长度和内径，增加色谱柱长度，可以在一定程度上提高柱效，但也会升高压力和导致峰展宽；宽柱径，提高载样量，但也会增加横向扩散，同样会导致峰展宽。窄柱径可以节约溶剂，可减少横向扩散，但压力较大，对系统要求较高。
(3) 颗粒形状及粒径球形颗粒柱效高、重现性好、柱床结构均匀，不规则形柱床结构不均匀、流动相线速度不均匀，容易谱带展宽；平均颗粒直径，粒径越小，柱效越高，柱压也越高。粒径分布越广则柱效越低，压力越大。
(4) 颗粒表面积：颗粒外表面和内部孔表面的总和，以m2/g表示，相对而言高表面积对样品具有较强的保留能力，更大的柱容量和分离度。而低表面积能更快达到平衡状态，更适合梯度洗脱程序。
(5) 孔径：颗粒的孔或腔的平均尺寸，范围是80~300?，大孔径的填料颗?？梢匝映ご蠓肿尤苤试谔盍媳砻娴闹土羰奔洌纳品掷?，所以大孔径填料适合分离大分子化合物或者水动力体积较大的分子。
二、化学因素：
(1) 键合类型及键合相：键合相分子与基体单点相连为单体键合，这种键合方式可以提高传质速率，缩短柱平衡时间，；聚合体键合为键合相分子与基体多点相连，这种键合方式可以增加色谱柱稳定性，增加载样量。而键合相不同会直接影响化合物的保留行为。
(2) 碳覆盖率：高碳覆盖率可以提高分辨率和重现性，但分析时间长。
(3) 封端：硅胶键合相填料中有部分未封端的残留硅羟基，如图封端可以减轻待测组分与硅胶表面残留的酸性硅羟基反应，改善保留和峰行，这对于碱性化合物尤其重要。而不同的封端技术也会直接影响色谱柱的效能。
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