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水质指标的调查、监测分析已经逐步使用自动测试系统。该系统一般由采样装置，水质连续监测仪器，数据传输、记录及处理几部分组成，其特点是自动化、仪器化和连续性。目前已采用自动化试系统的有：水温、Ph、电导率、氧化还原电位、混浊度、悬浮物、溶解氧、COD、TOC、TOD、某些金属离子、等等。
自动测试系统可避免人工采样所得数据的不全面性，大大缩短采样分析到获得结果之间的时间。但自动测试系统也有局限性，不能对大部分指标逐一单项进行测定，因为水质化学组成（尤其是污染物）复杂，组分价态、形态多变，干扰严重，需要一系列的化学预处理操作和各种高灵敏度的检测方法。
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