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北京百泰派克生物科技有限公司
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DIA-MS蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)如何賦能多組學(xué)整

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DIA-MSdànbáizhì組數(shù)據(jù)如何賦能多組學(xué)整合研究?檢測技術(shù)服務(wù): 多組學(xué)(multi-omics)整合分析是當(dāng)前系統(tǒng)生物學(xué)、jīngzhǔn醫(yī)學(xué)和轉(zhuǎn)化研究的核心趨勢之一。它通過聯(lián)通不同分子層級(如轉(zhuǎn)錄組、dànbáizhì組、代謝組、表觀組等)數(shù)據(jù),刻畫生物體系從基因表達(dá)到表型形成的全景圖譜。而在眾多組學(xué)中,dànbáizhì組學(xué)是功能執(zhí)行的核心層,具有bùkětìdài的生物學(xué)價值。

DIA-MS蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)如何賦能多組學(xué)整合研究?檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

多組學(xué)整合分析(multi-omics)是當(dāng)前系統(tǒng)生物學(xué)、jīngzhǔn醫(yī)學(xué)和轉(zhuǎn)化研究的核心趨勢之一。它通過聯(lián)通不同分子層級(如轉(zhuǎn)錄組、dànbáizhì組、代謝組、表觀組等)數(shù)據(jù),刻畫生物體系從基因表達(dá)到表型形成的全景圖譜。而在眾多組學(xué)中,dànbáizhì組學(xué)是功能執(zhí)行的核心層,具有bùkětìdài的生物學(xué)價值。


近年來,隨著DIA-MS(Data-Independent Acquisition Mass Spectrometry)數(shù)據(jù)非依賴采集質(zhì)譜技術(shù)的成熟,dànbáizhì組學(xué)不僅在數(shù)據(jù)覆蓋度和定量穩(wěn)定性上取得突破,更成為支撐多組學(xué)協(xié)同分析的關(guān)鍵基礎(chǔ)。本篇文章將從技術(shù)邏輯、應(yīng)用場景、數(shù)據(jù)整合策略出發(fā),深入解析DIA-MS如何助力多組學(xué)研究,推進(jìn)生命科學(xué)從“單點觀察"邁向“網(wǎng)絡(luò)理解"。


一、為什么選擇DIA-MS作為多組學(xué)整合分析中的蛋白數(shù)據(jù)來源?

在多組學(xué)整合研究中,數(shù)據(jù)可比性、覆蓋度和定量一致性是實現(xiàn)跨組學(xué)整合的基礎(chǔ)。DIA-MS憑借其技術(shù)特性,在多個維度上顯著優(yōu)于DDA蛋白組策略:

1、高通量、高重現(xiàn)性

DIA-MS使用系統(tǒng)化的分窗采集策略,確保每個樣本中均能獲得類似的碎裂信息。這種采集一致性對于樣本數(shù)量較大的多組學(xué)研究尤為重要。

(1)每個樣本中可穩(wěn)定定量數(shù)千個蛋白;

(2)實驗間CV值顯著低于DDA,適用于臨床或動物隊列;

(3)支持TMT-DIA等多樣本標(biāo)簽化策略,提升定量通量。


2、高覆蓋率:提升信息層級的互補(bǔ)性

DIA技術(shù)結(jié)合項目級譜圖庫與深度算法優(yōu)化,可穩(wěn)定定量6000–9000個蛋白,顯著擴(kuò)展蛋白組的通路維度與調(diào)控層級信息,在以下場景中尤為關(guān)鍵:

(1)信號通路解析(PI3K/Akt、MAPK等);

(2)代謝酶表達(dá)與代謝物路徑建模;

(3)免疫細(xì)胞標(biāo)志物表達(dá)模式刻畫。


3、可追溯性:實現(xiàn)數(shù)據(jù)資產(chǎn)的長期復(fù)用

DIA數(shù)據(jù)保存了全譜碎片信息,具備jíqiáng的數(shù)據(jù)再分析與跨項目應(yīng)用能力。在多組學(xué)研究中,往往隨著轉(zhuǎn)錄組/代謝組數(shù)據(jù)的更新,DIA蛋白數(shù)據(jù)可被重新挖掘、補(bǔ)充驗證,提升項目生命周期內(nèi)的價值密度。


二、DIA-MS如何對接轉(zhuǎn)錄組、代謝組等組學(xué)數(shù)據(jù)?

多組學(xué)整合研究并非數(shù)據(jù)簡單拼接,而需在時間、空間、生物過程和統(tǒng)計模式等多個維度實現(xiàn)有效協(xié)同。下面以DIA-MS與RNA-seq、LC-MS代謝組為例,探討其常見整合策略。

1、DIA-MS × 轉(zhuǎn)錄組(RNA-seq)

RNA-seq揭示基因表達(dá)潛力,而DIAdànbáizhì組反映功能執(zhí)行情況。兩者整合可分析:

(1)mRNA-蛋白表達(dá)一致性分析:識別轉(zhuǎn)錄后調(diào)控機(jī)制,如翻譯效率變化、蛋白穩(wěn)定性調(diào)控;

(2)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建(WGCNA):找出在兩組學(xué)中協(xié)同變化的關(guān)鍵模塊;

(3)功能富集整合:觀察mRNA與蛋白在GO/KEGG通路層級的一致或分歧,揭示調(diào)控節(jié)點。


2、DIA-MS × 代謝組(LC-MS / GC-MS)

dànbáizhì是代謝過程的催化核心,DIA-MS定量的酶類蛋白與代謝組中產(chǎn)物變化可構(gòu)建“酶-底物"通路鏈路:

(1)酶-代謝物配對分析:探索代謝物水平變化是否由關(guān)鍵酶表達(dá)驅(qū)動;

(2)通路活動評分(Pathway Activity Score):將蛋白和代謝物映射至統(tǒng)一通路,評估其整體激活或抑制趨勢;

(3)機(jī)制溯源分析:利用代謝流變化追溯至蛋白調(diào)控,從而構(gòu)建因果推斷模型。


3、DIA-MS × 表觀組/單細(xì)胞組

隨著單細(xì)胞組學(xué)與ChIP-seq、ATAC-seq等技術(shù)發(fā)展,蛋白組學(xué)也面臨跨分辨率與跨調(diào)控層級整合的需求。

DIA的可定量特性使其適用于:

(1)分群表達(dá)驗證(Bulk-RNA結(jié)合scRNA);

(2)組蛋白修飾水平檢測(結(jié)合組蛋白富集);

(3)多尺度調(diào)控因子定量(轉(zhuǎn)錄因子+靶蛋白+功能酶)。


三、多組學(xué)整合常用分析方法:如何用好DIA數(shù)據(jù)?

1、基于通路的共富集分析(Pathway-based integration)

適用于RNA/protein/metabolite間功能通路映射;

使用GO/KEGG/Reactome等數(shù)據(jù)庫統(tǒng)一通路維度;

比較不同組學(xué)中顯著富集的功能模塊是否一致。


2、多組學(xué)網(wǎng)絡(luò)融合分析(Multi-omics Network Modeling)

以DIA定量蛋白為“信號樞紐",連接上游TF與下游代謝通路;

使用Cytoscape、STRING、OmicsNet等工具構(gòu)建網(wǎng)絡(luò);

挖掘跨組學(xué)關(guān)鍵節(jié)點(如 hub gene/protein/enzyme)。


3、多組學(xué)共表達(dá)與潛變量建模(WGCNA, MOFA, DIABLO)

WGCNA(加權(quán)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析):識別組間一致調(diào)控模塊;

MOFA(Multi-Omics Factor Analysis):降維提取潛變量因子;

DIABLO:建構(gòu)跨組學(xué)關(guān)聯(lián)維度的預(yù)測模型(尤其適用于分型與分類研究)。


四、百泰派克生物科技如何支持DIA-MS多組學(xué)整合研究?

百泰派克生物科技在DIAdànbáizhì組學(xué)與多組學(xué)整合分析方向構(gòu)建了技術(shù)+算法+生信服務(wù)的一體化平臺,具備以下特色:

1、多平臺DIA-MS支持

Thermo Orbitrap Exploris 480:高分辨DIA采集,支持大隊列;

Bruker timsTOF diaPASEF:四維分離,適合深度蛋白組譜繪制;

多種富集策略:支持與磷酸化、乙?;?、糖基化等修飾組學(xué)整合。


2、生信交付標(biāo)準(zhǔn)化

提供DIA+RNA-seq/代謝組聯(lián)合分析框架;

支持主成分分析、網(wǎng)絡(luò)分析、模型預(yù)測;

可按項目交付整合圖表、方法、摘要內(nèi)容。


3、科研成果導(dǎo)向支持

協(xié)助客戶進(jìn)行課題設(shè)計與組學(xué)匹配方案制定;

輸出符合投稿格式的圖表與數(shù)據(jù)說明;

提供SCI數(shù)據(jù)包、摘要撰寫建議等轉(zhuǎn)化工具。


隨著生命科學(xué)研究不斷向多維數(shù)據(jù)融合演進(jìn),dànbáizhì組學(xué)的“功能表達(dá)層"愈發(fā)重要。而DIA-MS,以其采集無偏、數(shù)據(jù)穩(wěn)定、通量高、可整合性強(qiáng)的特點,正在從“dànbáizhì檢測工具"走向“組學(xué)協(xié)同核心平臺"。多組學(xué)的價值不僅在于數(shù)據(jù)堆疊,而在于機(jī)制建模的深入解析。DIA-MS正是這場解析中zuì具解釋力的數(shù)據(jù)來源之一。百泰派克生物科技將持續(xù)以DIA-MS為抓手,聯(lián)合轉(zhuǎn)錄組、代謝組、表觀組等多技術(shù)平臺,為您提供真正“打通機(jī)制鏈條"的多組學(xué)整合研究解決方案。


百泰派克生物科技特色項目


一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進(jìn)行分析,提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù),包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析,Nduāncèxù,Cduāncèxù和全序列分析,以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對于未知理論序列的dànbáizhì,提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù),對蛋白序列進(jìn)行分析。


※服務(wù)優(yōu)勢:

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達(dá) 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug,即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉,PEC和和糖基化等N端修飾的影響。



二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC,提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外,百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù),助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。


※服務(wù)優(yōu)勢:

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析,發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法,適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高,實驗結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測較低豐度蛋白,線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析,分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。



三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析,采用金屬元素標(biāo)記物(通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體)標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子,然后用流式細(xì)胞原理分離單個細(xì)胞,再用電感耦合等離子體質(zhì)譜(ICP-MS)分析單個細(xì)胞的原子質(zhì)量譜,zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號分子表達(dá)量。


※服務(wù)優(yōu)勢:

1.技術(shù)優(yōu)良,*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù),避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細(xì)胞層面上對多種指標(biāo)同時進(jìn)行表征,百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大,成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制,所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右,而流式質(zhì)譜技術(shù)一次(單樣本)就可分析至少10^5的細(xì)胞,實現(xiàn)了數(shù)量級的提高,且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化,在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景;

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外,質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾;

③可檢測細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。



四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析,可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究,旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案,深入挖掘未知的靶標(biāo)。



五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù),MALDI TOF,高效色譜分離技術(shù),提供一系列完善的生物藥物分析方案,從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析,到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù),幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。



百泰派克生物科技七大檢測平臺

DIA-MS蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)如何賦能多組學(xué)整




百泰派克生物科技-生物制品表征,生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務(wù)。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則,通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證,建立了完備的質(zhì)量體系,數(shù)據(jù)冷熱/異地備份,設(shè)備定期計量/期間核查,軟件審計追蹤,為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù),支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系,zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù);

2.獲國家CNAS實驗室認(rèn)可,為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù);

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等;

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺,滿足您一站式服務(wù)需求;

5.服務(wù)3000+企業(yè),10000+客戶的選擇;

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!



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