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北京百泰派克生物科技有限公司
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當(dāng)前位置:北京百泰派克生物科技有限公司>>檢測技術(shù)服務(wù)>>蛋白分析>> 5款常用蛋白質(zhì)序列比對工具推薦

5款常用蛋白質(zhì)序列比對工具推薦

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品       牌百泰派克

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更新時間:2025-06-04 14:08:21瀏覽次數(shù):53次

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5款常用dànbáizhì序列比對工具推薦檢測技術(shù)服務(wù): 引言:為什么dànbáizhì序列比對如此重要? dànbáizhì的功能往往蘊(yùn)含在其序列信息中。氨基酸序列中的保守區(qū)域、活性位點(diǎn)或修飾位點(diǎn),都是功能預(yù)測的關(guān)鍵線索。通過與數(shù)據(jù)庫中已知蛋白序列進(jìn)行比對,我們可以:注釋未知蛋白功能;發(fā)現(xiàn)同源蛋白或進(jìn)化分支;識別結(jié)構(gòu)域、結(jié)合位點(diǎn)或抗原表位;為蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測、分子對接和藥物篩選打基礎(chǔ)。而選擇一個合適

5款常用蛋白質(zhì)序列比對工具推薦檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

引言:為什么dànbáizhì序列比對如此重要?

dànbáizhì的功能往往蘊(yùn)含在其序列信息中。氨基酸序列中的保守區(qū)域、活性位點(diǎn)或修飾位點(diǎn),都是功能預(yù)測的關(guān)鍵線索。通過與數(shù)據(jù)庫中已知蛋白序列進(jìn)行比對,我們可以:注釋未知蛋白功能;發(fā)現(xiàn)同源蛋白或進(jìn)化分支;識別結(jié)構(gòu)域、結(jié)合位點(diǎn)或抗原表位;為蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測、分子對接和藥物篩選打基礎(chǔ)。而選擇一個合適的比對工具,可以在提升準(zhǔn)確率的同時,顯著提高分析效率。


一、dànbáizhì序列比對工具

1、BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

作為zuì經(jīng)典、zuì廣泛使用的序列比對工具,BLAST 幾乎是所有dànbáizhì分析的起點(diǎn)。它通過局部比對方法,快速找出目標(biāo)序列與數(shù)據(jù)庫中相似序列的片段。

(1)用途:快速本地序列比對,識別同源蛋白

(2)亮點(diǎn):


  • 支持蛋白對蛋白(blastp)、核酸對蛋白(blastx)等多種模式

  • 接入NCBI數(shù)據(jù)庫,涵蓋物種廣泛

  • 可自定義數(shù)據(jù)庫進(jìn)行離線分析


(3)適合場景:


  • 快速識別未知蛋白的可能功能或物種來源

  • 疾病突變位點(diǎn)的功能保守性分析


2、Clustal Omega

Clustal Omega 是多序列比對的黃金標(biāo)準(zhǔn),特別適合對一組蛋白序列進(jìn)行進(jìn)化分析或功能區(qū)域挖掘。

(1)用途:多序列比對,發(fā)現(xiàn)保守區(qū)域

(2)亮點(diǎn):


  • 可比對幾十到上百條序列

  • 輸出格式適合用于繪制系統(tǒng)發(fā)育樹

  • 效率遠(yuǎn)高于早期的 ClustalW


(3)適合場景:


  • 探索蛋白家族的演化關(guān)系

  • 分析保守結(jié)構(gòu)域與功能位點(diǎn)分布


3、MUSCLE

與Clustal Omega類似,MUSCLE 更注重dànbáizhì序列比對精度,常用于發(fā)表級別的進(jìn)化樹構(gòu)建。

(1)用途:高精度多序列比對

(2)亮點(diǎn):


  • 高保真度比對,適合高相似度序列

  • 輸出兼容多種可視化軟件(如 Jalview)


(3)適合場景:


  • 病毒、細(xì)菌株系變異序列分析

  • 蛋白亞型分析及疫苗靶點(diǎn)篩選


4、PSI-BLAST (Position-Specific Iterated BLAST)

PSI-BLAST 是BLAST的進(jìn)階版,適合在標(biāo)準(zhǔn)BLAST未能檢出的情況下尋找低相似度但功能相關(guān)的蛋白。

(1)用途:識別遠(yuǎn)緣同源蛋白

(2)亮點(diǎn):


  • 構(gòu)建位置特異性打分矩陣(PSSM)

  • 更適合進(jìn)化分析和功能預(yù)測


(3)適合場景:


  • 難以注釋的未知蛋白功能預(yù)測

  • 遠(yuǎn)緣物種之間的功能保守性探索


5、HMMER

HMMER 利用概率模型進(jìn)行dànbáizhì序列比對,特別適用于從序列中識別出特定結(jié)構(gòu)域、家族模式等。

(1)用途:基于隱藏馬爾可夫模型的序列比對

(2)亮點(diǎn):


  • 支持 Pfam 數(shù)據(jù)庫,專注于蛋白結(jié)構(gòu)域識別

  • 精度高于傳統(tǒng)比對工具,尤其在短片段中表現(xiàn)優(yōu)異


(3)適合場景:


  • 結(jié)構(gòu)域注釋與蛋白家族分類

  • dànbáizhì組數(shù)據(jù)庫搜索、蛋白功能標(biāo)簽預(yù)測


二、總結(jié)與推薦選擇建議


5款常用蛋白質(zhì)序列比對工具推薦


百泰派克生物科技:一站式dànbáizhì序列比對與注釋平臺

在dànbáizhì組學(xué)與藥物研發(fā)服務(wù)中,百泰派克生物科技整合上述多種比對算法,構(gòu)建了自動化、多通道的蛋白序列注釋流程,廣泛應(yīng)用于以下項目:

* 【靶點(diǎn)篩選】:通過 BLAST + HMMER 組合,jīngquè識別疾病關(guān)鍵蛋白及其功能家族;


  • 【功能注釋】:整合 Clustal Omega 與 Pfam,實現(xiàn)多序列比對與結(jié)構(gòu)域標(biāo)注;

  • 【突變分析】:結(jié)合 PSI-BLAST 與蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測工具(如 AlphaFold),預(yù)測突變影響;

  • 【高通量數(shù)據(jù)挖掘】:結(jié)合質(zhì)譜定量數(shù)據(jù)與序列分析,建立靶點(diǎn)優(yōu)先級模型。


如果您正在進(jìn)行未知蛋白注釋、靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)、或功能位點(diǎn)預(yù)測,百泰派克生物科技可提供從原始數(shù)據(jù)處理到可視化報告生成的一站式解決方案,助力您在項目中快人一步。


百泰派克生物科技特色項目


一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進(jìn)行分析,提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù),包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析,Nduāncèxù,Cduāncèxù和全序列分析,以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對于未知理論序列的dànbáizhì,提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù),對蛋白序列進(jìn)行分析。


※服務(wù)優(yōu)勢:

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達(dá) 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug,即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉,PEC和和糖基化等N端修飾的影響。



二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC,提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外,百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù),助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。


※服務(wù)優(yōu)勢:

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析,發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法,適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高,實驗結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測較低豐度蛋白,線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析,分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。



三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析,采用金屬元素標(biāo)記物(通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體)標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子,然后用流式細(xì)胞原理分離單個細(xì)胞,再用電感耦合等離子體質(zhì)譜(ICP-MS)分析單個細(xì)胞的原子質(zhì)量譜,zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號分子表達(dá)量。


※服務(wù)優(yōu)勢:

1.技術(shù)優(yōu)良,*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù),避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題??稍趩渭?xì)胞層面上對多種指標(biāo)同時進(jìn)行表征,百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大,成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制,所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右,而流式質(zhì)譜技術(shù)一次(單樣本)就可分析至少10^5的細(xì)胞,實現(xiàn)了數(shù)量級的提高,且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化,在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景;

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外,質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾;

③可檢測細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。



四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析,可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究,旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案,深入挖掘未知的靶標(biāo)。



五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù),MALDI TOF,高效色譜分離技術(shù),提供一系列完善的生物藥物分析方案,從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析,到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù),幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。



百泰派克生物科技七大檢測平臺

5款常用蛋白質(zhì)序列比對工具推薦




百泰派克生物科技-生物制品表征,生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務(wù)。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則,通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證,建立了完備的質(zhì)量體系,數(shù)據(jù)冷熱/異地備份,設(shè)備定期計量/期間核查,軟件審計追蹤,為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù),支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系,zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù);

2.獲國家CNAS實驗室認(rèn)可,為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù);

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等;

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺,滿足您一站式服務(wù)需求;

5.服務(wù)3000+企業(yè),10000+客戶的選擇;

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!



5款常用蛋白質(zhì)序列比對工具推薦檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

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