微生物快速鉴定质谱是一种很常用的质谱仪。这种质谱仪的质量分析器是一个离子漂移管。由离子源产生的离子加速后进入无场漂移管，并以稳定速度飞向离子接收器。离子质量越大，到达接收器所用时刻越长，离子质量越小，到达接收器所用时刻越短，依据这一原理，能够把不同质量的离子按m／z值大小进行分离。
微生物快速鉴定质谱可检测的分子量规模大，扫描速度快，仪器结构简单。这种飞行时刻质谱仪的首要缺点是分析率低，由于离子在离开在离子源时初始能量不同，使得具有相同质荷比的离子达到检测器的时刻有必定分布，造成分析能力下降。
改进的方法之一是在线性检测器前面的加上一组静电场反射镜，将自在飞行中的离子反推回去，初始能量大的离子由于初始速度快，进入静电场反射镜的间隔长，回来时的旅程也就长，初始能量小的离子回来时的旅程短，这样就会在回来旅程的必定位置聚焦，然后改进了仪器的分析能力。
飞行时间质谱仪质量分析器既不需要磁场，也不需要电场，只需要直线漂移空间，机械结构比较简单。由于受飞行距离的限制，早期的质谱仪分辨率较低。但是近年来通过采用延长离子飞行距离的离子反射技术，可随意改变飞行距离，使质量分辨率达到几千到上万。
采取激光脉冲电离，克服了离子进入漂移管前的时间分散、空间分散和能量分散。采用高灵敏和低噪音的宽频带电子倍增管，在短时间内快速记录微弱的离子流，扫描速度快，适于研究快的过程。
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