全自动微生物质谱检测系统由进样系统、离子源、质量分析器、检测器、数据处理系统等部分组成。由于进样方式、离子源、质量分析器等的不同，质谱仪分为不同的种类，临床上常见的有液相色谱串联质谱（LC－MS－MS）、气相色谱串联质谱（GC－MS－MS）、电感耦合等离子体质谱（ICP－MS）、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI－TOFMS）等等。
全自动微生物质谱检测系统的离子化方式是基质辅助激光解吸电离（MALDI），是一种“软电离”的方式，这种电离方式可以产生稳定的分子离子，因而是检测生物大分子的有效方法，广泛地运用于生物化学，尤其对蛋白质、核酸的分析研究已经取得了突破性进展。
用一定强度的激光照射样品与基质形成的共结晶薄膜，基质从激光中吸收能量，与样品之间发生电荷转移使得样品分子电离。离子在高压电场作用下加速进入飞行管中，小离子飞得快，先到达探测器，大离子飞得慢，后到达探测器，从而得出测定结果。
质谱分析是一种通过测量离子质荷比（质量－电荷比），从而确定其质量的分析方法（通俗点讲，质谱就是一种类型的“秤”，只不过它称量的是离子的质量），在众多的分析测试方法中被认为是一种同时具备高特异性和高灵敏度且得到了广泛应用的普适性方法。
分析食品变质的影响因素从三个方面入手：食品的组分和理化性状，环境因素，微生物种类这三个因素中食品的组分和理化性状是变质的基础。
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