微生物快速鉴定质谱技术作为强大的技术分析，在生物医学研究领域已有较长的应用历史。由于这些技术灵敏度高、特异性强、且能够同时检测多种化合物的特点，在西方国家的临床诊断应用研究工作中得到了十分快速的发展，为疾病的诊断、预后和治疗以及人体健康的评估等做出了*而重要的贡献。
微生物快速鉴定质谱仪的性能包括分辨率、敏感度或探测极限和准确性等，这些性能都与质谱仪的类型、采用的离子化方法和扫描能力有关。不过没有哪一个仪器能同时在上述所有方面都占优，在选择仪器的时候要根据实验需要进行相应的取舍。
质谱仪通常使用的都是离子模式来鉴定蛋白质的氨基酸序列。目前所有的MS/MS质谱仪都具有该功能。不过其它特殊的质谱仪也具有MS/MS功能。如果要发现蛋白质中的某个功能基团则需要用到母离子扫描功能或者中性丢失扫描功能。
而这就要用到三重四级杆质谱仪，或四级杆离子阱质谱仪，比如复杂混合物里的蛋白质磷酸化位点和糖基化位点就都可以用这种方法（在碰撞池中产生特殊的报告离子，通过它来进行特殊的功能检测）检测出来。
在一个典型的质谱检测试验中，首先先用母离子扫描或中性丢失扫描都能发现目标组分，然后再用传统的MS/MS方法鉴定蛋白质的氨基酸序列以及定位修饰位点。
已知的或未知的分析物都以高的敏感度和选择性能被定量检测出来。这种高选择性得益于质谱仪能够对代表一个肽段的一对母离子和片段裂解物离子进行实时监测。
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