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NCBI 竟然能批量下載基因序列!

時間:2021/8/21閱讀:7267
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第一步:整理排列好基因登入號,NCBI 檢索 nucleotide

第二步:調(diào)整展示界面 Display Settings

第三步:選擇文件發(fā)送內(nèi)容 Send

第四步:合適的打開方式 DNAstar 軟件


下面就給你們演示下:

第一步:每個基因都有它的 Accession number(基因登入號,好比ID一樣),這個你們已 經(jīng)拿到手了吧,首先登入 NCBI 網(wǎng)站ncbi.nlm.nih.gov/,在 All Databases 處下拉, 選擇 nucleotide,將基因的 Accession number 都排列在一起,用空格隔開,不要有回車符(怎么快速排列就不多說了,excel 就能實(shí)現(xiàn)),例如:NM_181571 NM_012319 NM_016651 NM_007678 NM_004642 NM_145918 NM_024504 NM_014847 NM_004196 NM_002295:

NCBI 竟然能批量下載基因序列!


填好后 Search,然后會出現(xiàn)這樣一個界面:

NCBI 竟然能批量下載基因序列!


第二步:點(diǎn)擊上面的 Display Settings 下拉標(biāo)記,在 Format 選項(xiàng)中選擇 FASTA,在 Sort by 選項(xiàng)中默認(rèn)選擇 Default order(界面展示順序會和你輸入的 Accession number 一致):

NCBI 竟然能批量下載基因序列!


點(diǎn)擊 Apply,就會出現(xiàn)下一個界面:


NCBI 竟然能批量下載基因序列!


第三步:點(diǎn)擊右上角的 Send 下拉標(biāo)記,選中 Complete Record 和 File,然后在下面 Format 中選擇 FASTA,Sort by 不變(默認(rèn)),最后點(diǎn)擊 Create File 保存數(shù)據(jù):


NCBI 竟然能批量下載基因序列!


第四步:安裝 DNAstar 軟件(經(jīng)常用的序列分析軟件,和 Office 辦公軟件類似,有多款 用途的工具),打開其中的 Editseq 工具,將保存的文件 sequence .fasta 拖進(jìn)來,這時會彈出 一個界面:


NCBI 竟然能批量下載基因序列!


點(diǎn)擊 Just Open,就可以直接打開所有下載的基因序列;


NCBI 竟然能批量下載基因序列!


如果希望一個一個打開,則點(diǎn)擊 OK 先保存基因序列(自動以基因的 Accession number 命名),再選擇性打開。


NCBI 竟然能批量下載基因序列!


這樣就大功告成啦??墒谦@得了這么多序列可以做什么呢,這個就看你的目的了,分析酶切位點(diǎn)、設(shè)計(jì)引物、比對序列、構(gòu)建多表達(dá)克隆、設(shè)計(jì)敲減靶點(diǎn)等等都可以?。?/p>


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