多肽合成仪是指用来合成多肽的仪器，因为多肽合成的步骤很繁琐，又很耗时，多家公司开发了自动多肽合成仪。
一般分为两类，一类是针对数量少但合成量大的生产型应用，其反应器转动方式有别于前两代的多肽合成仪，即反应器上方相对固定，而下方作圆周360度快速旋转，带动反应器里的固液两相从底部向上作螺旋运动，一直达到反应器的最上方;
另外一类多肽合成仪针对于药物研发、基因研究等科研性应用，可以同时提供固相合成和膜合成的应用，并能自动帮助客户进行图谱筛选同时完成高通量的多肽合成工作。
多肽合成仪以固相合成为反应原理，在密闭的防爆玻璃反应器中使氨基酸按照已知顺序(序列，一般从C端-羧基端 向 N端-氨基端)不断添加、反应、合成，操作最终得到多肽载体。
固相合成法，大大的减轻了每步产品提纯的难度。为了防止副反应的发生，参加反应的氨基酸的侧链都是?；さ?。羧基端是游离的，并且在反应之前必须活化。
固相合成方法有两种，即Fmoc和tBoc。由于Fmoc比tBoc存在很多优势，现在大多采用Fmoc法合成，但对于某些短肽，tBoc因其产率高的优势仍然被很多企业所采用。
具体合成由下列几个循环组成：
1) 去保护：Fmoc?；さ闹雍偷ヌ灞匦胗靡恢旨钚匀芗?piperidine)去 除氨基的?；せ拧?br />
2)激活和交联：下一个氨基酸的羧基被一种活化剂所活化。活化的单体与游离的氨基反应交联，形成肽键。在此步骤使用大量的超浓度试剂驱使反应完成。循环：这两步反应反复循环直到合成完成。
3) 洗脱和脱?；ぃ憾嚯拇又舷赐严吕矗浔；せ疟灰恢滞驯；ぜ?TFA) 洗脱和脱?；ぁ?/div>
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