16S+ITS測序是對特定長度的PCR產物或者捕獲的片段進行測序，目前主要是應用高通量測序技術對特定環(huán)境中特定遺傳物質進行測序。大多數天然微生物都不能通過傳統(tǒng)的分離培養(yǎng)方法進行分離和克隆，這對于天然微生物定性和定量，探索微生物多樣性是嚴重的挑戰(zhàn)。擴增子測序可以克服傳統(tǒng)分離培養(yǎng)的弱點，對樣品中的微生物進行定性和定量，目前在微生物多樣性檢測中廣泛應用。 16S+ITS測序的原理和用途：
16SrDNA測序：16SrDNA是編碼16SrRNA的基因，存在于所有細菌基因組。其既能體現不同菌屬之間的差異，又能利用測序技術較容易地得到其序列，目前被廣泛用于病原菌的檢測和鑒定。它的可變區(qū)經常用于不同微生物群落的屬或種系統(tǒng)進化分類。
ITS測序：在真核生物中，18SrDNA和28SrDNA轉錄間隔序列稱為ITS區(qū)。由于其是非轉錄區(qū)，承受的選擇壓力較小，變異強;屬于中度保守區(qū)域，利用它可研究種及種以下的分類階元。
16S+ITS測序技術優(yōu)勢：
較低的成本：與宏基因組測序相比，對測序深度的要求更低，性價比較高；
鑒定效率高：與克隆或培養(yǎng)等傳統(tǒng)鑒定方法相比，微生物群16S/ITS測序是一種更快、更準確的方法。
高靈敏度：可以鑒定出豐度極低的細菌。
雙區(qū)檢測：針對一個或多個可變區(qū)域的靈活性，能夠進行更長的序列讀取，并能夠對菌落進行更準確的分析。
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