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常用的代謝組相關數(shù)據(jù)庫包括人類代謝組數(shù)據(jù)庫（HMDB）、KEGG數(shù)據(jù)庫、Reactome數(shù)據(jù)庫等，介紹如下： 人類代謝組數(shù)據(jù)庫（HMDB）是代謝組學中比較流行的數(shù)據(jù)庫之一，包括人類小分子的詳細信息體內發(fā)現(xiàn)的分子代謝物，不少于79,650個代謝物條目。 SMPDB 數(shù)據(jù)庫與 HMDB 鏈接，包含大約 700 條人類代謝和疾病途徑的途徑圖。 KEGG數(shù)據(jù)庫是流行的代謝組數(shù)據(jù)庫之一，包含代謝途徑和相互作用網(wǎng)絡的信息。 Reactome數(shù)據(jù)庫主要收集人體主要代謝途徑和重要反應的信息。 MassBank數(shù)據(jù)庫主要收集許多高分辨率低代謝成分的光譜。

BioCyc 數(shù)據(jù)庫包含途徑和基因組數(shù)據(jù)。 METLIN 數(shù)據(jù)庫是一個商業(yè)代謝組和串聯(lián)質譜數(shù)據(jù)庫，包含約 43,000 種代謝物和 22,000 個 MS/MS 譜圖。 FiehnLib 數(shù)據(jù)庫是一個商業(yè)代謝組數(shù)據(jù)庫，包含約 1000 個保守代謝物的 EI 譜。

NIST/EPA/NIH 質譜庫數(shù)據(jù)庫也是一個商業(yè)代謝組數(shù)據(jù)庫，包含超過 190,000 個 EI 譜圖。 BioCyc 數(shù)據(jù)庫收集途徑和基因組數(shù)據(jù)，并且免費提供。 MetaCyc 數(shù)據(jù)庫全面收集了許多不同生物體的代謝途徑和酶的信息，包括 51,000 多篇文章。 MMCD數(shù)據(jù)庫收集了10,000多種代謝物的信息及其MS和NMR數(shù)據(jù)，其中大部分是擬南芥代謝物。