真空转印仪使用需要剪一块尼龙膜，要求其大小比窗口密封垫的边缘至少宽0.5cm。再剪一张与尼龙膜大小一致的滤纸。剪一块窗口密封垫，要求密封垫的边缘比胶的边缘至少窄0.5cm。
真空转印仪操作步骤：
1.把尼龙膜以45度角方向浸入水中，润湿膜，然后在在合适的转印溶液中浸润膜。
2.把孔状真空板置于平台上。依次放置润湿的滤纸，尼龙膜，用10ml的玻璃管赶走膜上的气泡。
3.用水润湿密封O型环。
4.把窗口密封垫置于膜上。确保密封垫覆盖住整个O型环。同时确保密封垫覆盖住滤纸/膜。请参照下图进行组装。
5.把胶轻柔的置于密封垫上，覆盖住窗口。用玻璃管赶走气泡，确保胶的边缘超出密封垫至少5cm。
6.把密封框置于顶部，锁住密封框。
7.旋松(逆时针)真空调节阀几圈以防止强的内部真空。
8.慢慢的旋紧调节阀直到读数为5inchesHg。如果使用Bio-Rad的真空泵，需要在转印前预热10分钟。如果不预热，真空泵升压会比较慢，约在10分钟后稳定。
9.沿着窗口的边缘用手指轻轻的按住胶。此操作可帮助在胶和密封垫之间形成紧密的真空密封。
10.轻轻的倒入1000至1500ml的转印缓冲液。检查胶是否移位。如果胶漂浮起来了，需要拆掉密封框，排干转膜液，重新按5至10步骤进行操作。
11.把转印仪的盖子盖好。检查缓冲液的水平面，其高度应该高于胶。检查真空压力，调节至5inchesHg。
12.在设定压力下转膜90分钟。
转印后这样操作：
1.90分钟后，关掉真空装置。
2.打开密封框，把上层缓冲液排出。
3.拿掉转印胶，位于窗口中的胶应该比位于窗口外的胶薄一半。检查胶中剩余的DNA，可以用EB染色来观察。
4.拿掉窗口密封垫和尼龙膜。把膜浸泡在2×SSC中5分钟，然后把膜夹在两层滤纸中在真空干燥箱中80度干燥30分钟。干燥后的膜即可进行杂交。
5.拿掉转印仪上的滤纸并从底盘中倒掉缓冲液，按要求清洗转印仪。
