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技術(shù)文章

RT-PCR引物的設(shè)計(jì)原則把握

閱讀:571          發(fā)布時(shí)間:2023-4-23

1、引物的特異性決定PCR反應(yīng)特異性。因此引物設(shè)計(jì)是否合理對(duì)于整個(gè)實(shí)驗(yàn)有著至關(guān)重要的影響。在引物設(shè)計(jì)時(shí)要充分考慮到可能存在的同源序列,同種蛋白的不同亞型,不同的mRNA剪切方式以及可能存在的hnRNA對(duì)引物的特異性的影響。盡量選擇覆蓋相連兩個(gè)內(nèi)含子的引物,或者在目的蛋白表達(dá)過程中特異存在而在其他亞型中不存在的內(nèi)含子。


2、引物設(shè)計(jì)原則的把握包括:

1、.引物長度:一般為15~30 bp ,引物太短會(huì)影響PCR的特異性,引物太長PCR的最適延伸溫度會(huì)超過Taq酶的最適溫度,也影響反應(yīng)的特異性。

2、.堿基分布:四種堿基最好應(yīng)隨機(jī)分布,避免嘌呤或嘧啶的聚集存在,特別是連續(xù)出現(xiàn)3個(gè)以上的單一堿基。GC含量(Tm值):40%~60%,PCR擴(kuò)增的復(fù)性溫度一般是較低Tm值減去5~10度。

3、3‘端要求:3’端必須與模板嚴(yán)格互補(bǔ),不能進(jìn)行任何修飾,也不能有形成任何二級(jí)結(jié)構(gòu)的可能。末位堿基是A時(shí)錯(cuò)配的引發(fā)效率zui低,G、C居中間,因此引物的3’端最好選用A、G、C而盡可能避免連續(xù)出現(xiàn)兩個(gè)以上的T。

4、引物自身二級(jí)結(jié)構(gòu):引物自身不應(yīng)存在互補(bǔ)序列,否則會(huì)自身折疊成發(fā)夾狀結(jié)構(gòu)或引物自身復(fù)性。

5、引物之間的二級(jí)結(jié)構(gòu):兩引物之間不應(yīng)有多于4個(gè)連續(xù)堿基互補(bǔ),3’端不應(yīng)超過2個(gè)。

6、同源序列:引物與非特異擴(kuò)增序列的同源性應(yīng)小于連續(xù)8個(gè)的互補(bǔ)堿基存在。

g.5’端無嚴(yán)格限制:5’末端堿基可以游離,但最好是G或C,使PCR產(chǎn)物的末端結(jié)合穩(wěn)定。還可以進(jìn)行特異修飾(標(biāo)記、酶切位點(diǎn)等)等等。


  根據(jù)實(shí)驗(yàn)?zāi)康倪x擇適當(dāng)?shù)囊?。常用引物設(shè)計(jì)軟件如Primer5.0,Oligo6.0等對(duì)于這些條件都可以自行設(shè)置。



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