離子阱質譜儀是分離和檢測不同同位素的儀器。儀器的主要裝置放在真空中。將物質氣化、電離成離子束，經電壓加速和聚焦，然后通過磁場電場區(qū)，不同質量的離子受到磁場電場的偏轉不同，聚焦在不同的位置，從而獲得不同同位素的質量譜。
離子阱質譜儀的功能簡介：
1、可升級的電子轉移裂解模塊可以提供傳統(tǒng)裂解方法無法得到的蛋白質翻譯后修飾信息；
2、脈沖碰撞能量誘導解離功能可以提供低質量端碎片離子信息；
3、高選擇MS/MS分析給譜圖在數(shù)據(jù)庫和譜庫檢索更好的匹配，提高了結構確證的可靠性。另外快速極性切換，母離子相關MS3數(shù)據(jù)關聯(lián)掃描，可以對翻譯后修飾和代謝物組成的鑒定進行智能、快速分析，還可以和回旋共振質譜組合成的多級高分辨雜交質譜儀；
4、自動數(shù)據(jù)依賴性多級質譜采集技術不僅為用戶提供預測代謝物結構信息，也能提供未預測到的代謝物結構信息。此外使用自動固定中性丟失數(shù)據(jù)依賴性掃描觸發(fā)三級質譜掃描能檢測某一類的代謝物。使用分析軟件增強復雜基質中代謝物篩選和鑒別功能，使譜圖解析更簡便。
離子阱質譜儀的優(yōu)點：
1、結構簡單，體積小，容易抽真空，所以便攜式質譜會采用離子阱。
2、由于離子阱可以將某個離子限制在阱里面做軌道運動，所以可以對這個離子做二次碎裂（一般做法是加入氦氣，讓氦氣分子和離子進行碰撞碎裂），對二次碎裂后產生的碎片離子再進行碎裂，產生三級碎片，這個叫做多級質譜。
離子阱比較容易實現(xiàn)多級質譜，所以對某個特點物質的定性，多級質譜是個很有用的工具。
當然多級質譜也有很多局限，很多化合物在阱里面不一定能被二次碎裂，即打不碎，而且離子阱碎片有三分之一效應，即質荷比是母離子1/3以下的碎片都觀察不到，對定性結論造成不確定性，所以多級質譜存在打不碎或者看不到的問題。
多級質譜適合對某一個或者幾個化合物的分子進行定性研究，要對上百種VOC化合物進行多級質譜顯然很不現(xiàn)實。
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