随着环境变化和抗生素的广泛应用，微生物耐药性已经成为性问题。病毒爆发后世卫组织也提出警告，大流行导致抗生素的使用增加，会进一步加剧细菌耐药性。2014年的一份报告表明^[1]，如果微生物耐药性得不到控制，到2050年在导致的死亡人数将超过癌症死亡人数，达到一千万。

微生物基因组的快速突变已成为目前耐药性的主要分子机制，而测序技术的发展大大加速了耐药菌序列的分析和耐药机理的研究。一直以来，QIAGEN为研究者提供了从样本制备到基因组数据分析的完整方案，包括基于IRT技术的MO BIO微生物样本提取方案、QIAseq FX DNA Library Kit 一管式文库构建方案、基于可视化操作界面的CLC Genomics Workbench数据分析软件。接下来小编带大家了解一下CLC Genomics Workbench在微生物耐药性分析中的应用。

广泛耐药性假丝酵母菌

近日，发表在The Lancet Microbe杂志的文章^[2]，报道了来自纽约州卫生部对四株广泛耐药性假丝酵母菌(Candida auris)的研究结果。研究者通过全基因组测序，然后采用CLC Genomics Workbench对基因组进行了拼接、多重比对和进化树分析，发现这四株菌属于一个*特异性的cluster。这四株菌在抗生素药物靶标基因FKS1上具有两个非同义突变，这两个突变位点正好位于抗真菌药物棘皮菌素结合的热点区域?；谕槐湫畔ⅲ芯空咭参颊咧贫烁雍侠淼目股刈楹狭品?。

耐药性淋球菌

广泛存在的抗生素耐药性淋球菌(Neisseria gonorrhoeae)，大大影响了淋病的治疗。2018年的研究报道中^[3]，作者采用Nanopore长读长测序技术，优化的CLC Genomics Workbench拼接方法对14株临床菌株进行了拼接，然后采用CLC中的BLAST方法基于NG-STAR 数据库进行了耐药性位点的挖掘。通过与其他方法比较作者发现采用优化的CLC分析流程找到的耐药性位点准确性高于其他开源软件的结果（Incorrect calls均为0）。

CLC Genomics Workbench中完善的分析流程，除了可以进行序列的质控、比对、变异位点检测、进化树构建等分析之外，还整合了来自ARES-Genetics公司专有的耐药性数据库ARESdb，以及去冗余后的CARD、ResFinder ARG-Annot和NIH AMRFinder数据库信息。在简化研究者工作的同时，大大保证了结果的准确性。

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