离子色谱仪充分利用了固定相和流动相间的交换作用，在固定相中离子交换树脂和流动相中电荷相同的离子在分离色谱柱中停留的时间不同，从而分离出被分析物溶质和交换剂之间的亲和力差异。离子色谱仪的工作流程基本相同。主要流程如下：
(1)对冲洗液系统进行必要的检查，打开氩气瓶开关，将减压阀调整到0.2-0.3Mpa；打开淋洗液系统的气源装置，调整减压阀，使指示器显示在3-6PSi之间。
(2)按顺序打开主机-电脑-打印机等设备的电源开关，使设备通电。
(3)系统处理和控制系统接通电源后，进入操作界面，进入系统操作面板，为操作前的准备和管理做好准备。
(4)将泵打开。如色谱分析仪长时间不用或更换淋洗液时，应先将平衡泵头上的PRIME阀打开，待泵压力稳定后再打开。
(5)样品通过进样器在进入色谱柱之前引入，流动相将样品引入色谱柱，在色谱柱中分离组分，然后依次随流动相流向检测器。
(6)将检测器检测到的信号送至数据系统，利用操作界面完成样件后，选择检测标准进行数据处理，记录、处理、打印或保存。
(7)关机，根据检测样品的不同，系统关机需要选择不同的关机步骤。对于阴阳离子，首先要关掉抑制器的电流，然后关掉泵，最后关掉主机。
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