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随着现代传统中药的发展，中药的提取技术有了新的发展。其中分子蒸馏技术由于其蒸馏温度低、受热时间短、分离程度高等优点，能更好的保留原料里面的有效成分，并且增加收率纯度，近几年来在中药有效成分提取领域受到广泛关注。很多证明有效的中草药成分提取就很适用采取短程分子蒸馏法。
比如类胡萝卜素是一种食用色素，有很高的营养价值，并对抵抗某些疾病有一定的作用。用分子蒸馏法从甜橙香油中提取类胡萝卜素，由于分子蒸馏法不使用溶剂，成本较低，并且杂质含量低。同时用这种方法生产的类胡萝卜素，色价高，类胡萝卜素高，β-胡萝卜素含量高。
挥发油是中药提取物中很重要的一部分，其主要成分是醛、酮、醇类，且大部分为萜类，这些化合物沸点高，属热敏性物质，使用分子蒸馏法，可避免因传统蒸馏受热时间长、温度高使挥发成分破坏。大蒜的主要成分为挥发油，从大蒜中提取药用有效成分，用以制备大蒜注射液，临床用于治疗细菌性痢疾、脑炎等。
外我国由于工业污染、农业生产中大量使用化肥、污水灌溉以及为控制植物病虫草害，不得不使用大量化学农药等原因，造成了中药中重金属含量和残余农药含量超过了国外药物管理标准，增大了我国药物出口的难度。利用分子蒸馏技术可以有效解决中药中的残余农药和重金属超标问题。
分子蒸馏技术应用于中药有效成分的提取在我国已有一定的应用，目前也主要用于传统中药中挥发油类和油脂类等低级性物质分离纯化，有效促进我国传统中药制药技术的发展。