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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以研究細(xì)胞內(nèi)RNA轉(zhuǎn)錄本的異質(zhì)性和復(fù)雜性，揭示組織/器官/生物體內(nèi)不同細(xì)胞類型的組成和功能，目前在胚胎發(fā)育、細(xì)胞分化、神經(jīng)科學(xué)、腫瘤免疫等領(lǐng)域都有重要的應(yīng)用。基于SMART（Switching mechanism at the 5′ end of the RNA template）技術(shù)的Smart-seq2是主要的單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)之一，具有高靈敏度、全長轉(zhuǎn)錄本覆蓋度、可檢測(cè)到稀有轉(zhuǎn)錄本等特點(diǎn)，應(yīng)用場(chǎng)景廣泛。
圖1. Smart-seq2技術(shù)流程圖[1]
但基于平板的Smart-seq2技術(shù)，分析通量低且成本較高，在一定程度上阻礙了其應(yīng)用。為解決這一問題，該技術(shù)的開發(fā)者瑞典卡羅林斯卡學(xué)院的Rickard團(tuán)隊(duì)改進(jìn)開發(fā)了Smart-seq3技術(shù)[2]，與Smart-seq2相比，Smart-seq3在逆轉(zhuǎn)錄過程中引入了分子編碼（UMI），使轉(zhuǎn)錄本長度增加，靈敏度進(jìn)一步提高，建庫成本降低十幾倍。但仍然無法同時(shí)滿足高通量、高基因檢出能力和低成本的需求，因此該團(tuán)隊(duì)進(jìn)一步開發(fā)了Smart-seq3xpress[3]。
圖2. Smart-seq3xpress流程圖
表1. Smart-seq2與Smart-seq3xpress比較
Smart-seq3xpress縮小反應(yīng)體系、簡化實(shí)驗(yàn)流程的同時(shí)要保證獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù)，就意味著對(duì)建庫的酶原料有著更高的性能要求。翌圣基于自身的分子酶改造平臺(tái)——ZymeEditor™對(duì)Smart-seq技術(shù)的核心酶原料進(jìn)行性能改造及工藝優(yōu)化，并可規(guī)?；a(chǎn)，在保證優(yōu)異性能的同時(shí)進(jìn)一步降低實(shí)驗(yàn)成本。
產(chǎn)品分類 | 產(chǎn)品特點(diǎn) | 產(chǎn)品名稱 | 產(chǎn)品貨號(hào) |
逆轉(zhuǎn)錄酶 | pg級(jí)靈敏度，快速逆轉(zhuǎn)錄，高全長cDNA產(chǎn)量（20 kb），末端轉(zhuǎn)移酶活性 | Hifair® Ultra Reverse Transcriptase（200 U/μL） | 14604ES |
RNase抑制劑 | 廣譜的RNase抑制活性，兼容各種逆轉(zhuǎn)錄酶和聚合酶 | UCF.ME® Swine RNase Inhibitor (40 U/μL) | 14675ES |
高保真DNA聚合酶 | 高保真度，低GC偏好性，的擴(kuò)增效率和廣泛的模板適應(yīng)性 | Hieff Canace®II High-Fidelity DNA Polymerase | 10140ES |
轉(zhuǎn)座酶 | 片段化能力優(yōu)異，高建庫產(chǎn)量，裸酶可搭配各測(cè)序平臺(tái)接頭 | Tn5 Transposase (10 U/μL) | 14524ES |
Smart-seq2單細(xì)胞建庫試劑盒 | 全長cDNA合成，Tn5建庫 | Hieff NGS® Single Cell Low-Input cDNA Synthesis & Amplification Module | 12500ES |
Hieff NGS® C112P1 Fast Tagment DNA Library Prep Kit for Illumina® (for 1 ng) | 13468ES | ||
全長cDNA合成，酶切法建庫 | Hieff NGS® Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit | 12502ES |
[1] Picelli S, Faridani OR, Bj?rklund AK, Winberg G, Sagasser S, Sandberg R. Full-length RNA-seq from single cells using Smart-seq2. Nat Protoc. 2014;9(1):171-181.
[2] Hagemann-Jensen M, Ziegenhain C, Chen P, et al. Single-cell RNA counting at allele and isoform resolution using Smart-seq3. Nat Biotechnol. 2020;38(6):708-714.
[3] Hagemann-Jensen M, Ziegenhain C, Sandberg R. Scalable single-cell RNA sequencing from full transcripts with Smart-seq3xpress. Nat Biotechnol. 2022;40(10):1452-1457.
