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自動(dòng)化的微流控芯片系統(tǒng)在單細(xì)胞中檢測(cè)MicroRNA的異質(zhì)性

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自動(dòng)化的微流控芯片系統(tǒng)在單細(xì)胞中檢測(cè)MicroRNA的異質(zhì)性

單細(xì)胞自動(dòng)制備系統(tǒng)使用Life Technologies 開(kāi)發(fā)的試劑和實(shí)驗(yàn)方法(“Single-cell MicroRNA expression analysis”),對(duì)單細(xì)胞中的miRNA轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行目標(biāo)特異性擴(kuò)增(STA)。從將細(xì)胞懸液加至C1芯片到完成數(shù)據(jù)分析的整個(gè)流程,可以在不到24小時(shí)內(nèi)完成。

單細(xì)胞懸液(200-1000個(gè)細(xì)胞)被加入C1 IFC芯片的細(xì)胞進(jìn)樣孔。使用來(lái)自Single Cell-to-Ct™試劑盒(Life Technologies)的裂解和預(yù)擴(kuò)增試劑,以及來(lái)自TaqMan® MicroRNA Reverse Transcription 試劑盒(Life Technologies)的逆轉(zhuǎn)錄試劑,進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄(使用Megaplex™ RT pool)和預(yù)擴(kuò)增(使用Megaplex™ PreAmp pool),以便可以檢測(cè)每個(gè)單細(xì)胞中多達(dá)380種miRNA的表達(dá)。C1 IFC捕獲單細(xì)胞,然后沖洗,裂解,在反應(yīng)倉(cāng)平行對(duì)每個(gè)單細(xì)胞的miRNA進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄和預(yù)擴(kuò)增。96個(gè)預(yù)擴(kuò)增過(guò)的樣本然后被導(dǎo)出,使用Biomark HD系統(tǒng)在一塊96.96動(dòng)態(tài)芯片運(yùn)行,研究每個(gè)樣本中多達(dá)96種miRNA的表達(dá)。
 對(duì)從iPS,NPC和成熟神經(jīng)元(HN)獲得的數(shù)據(jù)進(jìn)行非監(jiān)督式聚類(lèi)分析,可以清楚的將HN細(xì)胞從iPS和NPC細(xì)胞區(qū)分開(kāi),同時(shí)也揭示了每類(lèi)細(xì)胞中存在的亞群。miR-9更頻繁且更高水平的在成熟神經(jīng)元(HN)中表達(dá)。

對(duì)從iPS,NPC和成熟神經(jīng)元(HN)獲得的數(shù)據(jù)進(jìn)行非監(jiān)督式聚類(lèi)分析,可以清楚的將HN細(xì)胞從iPS和NPC細(xì)胞區(qū)分開(kāi),同時(shí)也揭示了每類(lèi)細(xì)胞中存在的亞群。miR-9更頻繁且更高水平的在成熟神經(jīng)元(HN)中表達(dá)。

 C1 miRNA STA實(shí)驗(yàn)方案使用了Life Technologies為miRNA優(yōu)化過(guò)的試劑。特別的,Megaplex™ RT及PreAmp pool可以從C1 IFC上每個(gè)單細(xì)胞獲得多達(dá)380種不同miRNA的cDNA。使用Biomark系統(tǒng),在96.96 GE動(dòng)態(tài)芯片可以讀出表達(dá)類(lèi)型。 對(duì)來(lái)自不同類(lèi)型細(xì)胞的數(shù)據(jù)進(jìn)行非監(jiān)督式聚類(lèi)分析及PCA分析,揭示了不同類(lèi)型細(xì)胞之間、或者同一類(lèi)型細(xì)胞中miRNA表達(dá)類(lèi)型的差異

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