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上海源葉生物科技有限公司
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千年基因外顯子組測(cè)序技術(shù)手冊(cè)
2016-6-2 閱讀(685)
外顯子組的序列僅占全基因組序列的1%左右，但大多數(shù)與疾病相關(guān)的變異位于外顯子區(qū)。通過(guò)外顯子組測(cè)序可鑒定約8萬(wàn)個(gè)變異，全基因組測(cè)序可鑒定300萬(wàn)個(gè)變異，因此，與全基因組測(cè)序相比，外顯子組測(cè)序不僅費(fèi)用較低，數(shù)據(jù)闡釋也更為簡(jiǎn)單。外顯子組測(cè)序技術(shù)以其經(jīng)濟(jì)、有效的優(yōu)勢(shì)廣泛應(yīng)用于孟德爾遺傳病、罕見綜合征及復(fù)雜疾病的研究，并于2010年被Science雜志評(píng)為突破之一。
一、技術(shù)簡(jiǎn)介
隨著社會(huì)生活水平的提高，人類健康問(wèn)題也越來(lái)越多的受到社會(huì)各界的關(guān)注。傳統(tǒng)的遺傳疾病研究模式是采用顯帶分析、核型分析、FISH、遺傳標(biāo)記、PCR-DNA測(cè)序等傳統(tǒng)試驗(yàn)方法來(lái)尋找與疾病相關(guān)的DNA變異，這些方法各有各的特點(diǎn)，但都存在工作量大、效率低、分辨率低等一系列的限制。新一代高通量測(cè)序技術(shù)的出現(xiàn)，為遺傳疾病的研究提供了全新的思路。
2009年，基因組定向捕獲工具的出現(xiàn)使外顯子組測(cè)序成為可能。2009年9月，*篇關(guān)于外顯子組測(cè)序的原理驗(yàn)證文章于Nature雜志上發(fā)表。來(lái)自華盛頓大學(xué)的Jay Shendure通過(guò)對(duì)四名Freeman-Sheldon綜合征患者的外顯子組測(cè)序，找到了已知的致病基因MYH3。隨后，該團(tuán)隊(duì)將這種技術(shù)應(yīng)用于米勒綜合征的研究，通過(guò)對(duì)患者編碼區(qū)序列的捕獲及深度測(cè)序，鑒定出單個(gè)候選基因DHODH，并經(jīng)Sanger測(cè)序驗(yàn)證其他患者中存在該基因的突變。
外顯子組的序列僅占全基因組序列的1%左右，但大多數(shù)與疾病相關(guān)的變異位于外顯子區(qū)。通過(guò)外顯子組測(cè)序可鑒定約8萬(wàn)個(gè)變異，全基因組測(cè)序可鑒定300萬(wàn)個(gè)變異，因此，與全基因組測(cè)序相比，外顯子組測(cè)序不僅費(fèi)用較低，數(shù)據(jù)闡釋也更為簡(jiǎn)單。外顯子組測(cè)序技術(shù)以其經(jīng)濟(jì)、有效的優(yōu)勢(shì)廣泛應(yīng)用于孟德爾遺傳病、罕見綜合征及復(fù)雜疾病的研究，并于2010年被Science雜志評(píng)為突破之一。近兩年外顯子組研究相關(guān)的SCI文章已發(fā)表千余篇，已對(duì)數(shù)百種疾病展開了深入研究，研究結(jié)果推動(dòng)了人類醫(yī)學(xué)的研究。
二、技術(shù)優(yōu)勢(shì)
• 直接對(duì)蛋白編碼序列進(jìn)行序列測(cè)定，找出影響蛋白結(jié)構(gòu)的變異。
• 高深度測(cè)序，可發(fā)現(xiàn)常見變異及頻率低于1%的罕見變異。
• 針對(duì)外顯子組區(qū)域測(cè)序，約占基因組的1%，有效降低費(fèi)用、周期、工作量。
