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原子能院下设5个研究所：核物理研究所、反应堆工程研究设计所、放射化学研究所、同位素研究所、核技术应用研究所，所下设研究室或中心；下设10个工程技术和研究部：中国实验快堆工程部、中国先进研究堆工程部、串列加速器升级工程部、串列加速器升级工程技术部、放射性“三废”设施治理工程部、核燃料后处理放化实验设施工程部、中国核工业科技馆工程部、反应堆工程设计部、放射性计量测试部、辐射安全研究部；另有原子高科股份有限公司、实验工厂、电子仪器厂、核电技术服务中心等20余个产业实体；中国核数据中心、中国快堆研究中心、北京串列加速器核物理国家实验室、国家同位素工程技术研究中心、国防工业电离辐射计量一级站、核工业核保障技术重点实验室等设在这里。
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