對于陰離子色譜，通用有三種清洗方式，分別用于清洗酸溶性、堿溶性或有機(jī)污染物，在清洗過程中必須要確保嚴(yán)格按照清洗過程進(jìn)行，否則會引起色譜柱的局部高壓而損壞色譜柱。對于有機(jī)溶劑清洗色譜柱，需要逐步減少有機(jī)溶劑的量以避免由于混和而造成的流動相粘度的變化。
(1)選擇合適的清洗溶劑
a.對低價親水污染物：用10倍的淋洗液；
b.對高價親水污染物：用1到3M的鹽酸作淋洗液；
c.對金屬污染物：會引起色譜峰不對稱性，如鐵離子會引起硫酸根和磷酸根的拖尾，鋁會引起磷酸根回收率降低，可采用絡(luò)合劑酸類，如0.2M 草酸;
d.有機(jī)污染物：有機(jī)污染物會引起色譜柱效降低，可以采用兼容的有機(jī)溶劑清洗，有時也可以采用高濃度的鹽酸與有機(jī)溶劑混合清洗則更為有效，如200mM鹽酸和80%乙腈，但要注意這種溶液要混合立即使用，長時間混合會造成酸的分解并且損壞色譜柱。要特別注意色譜柱有機(jī)兼容性，如果該色譜柱只能對15%的有機(jī)溶劑兼容，這時有機(jī)溶劑濃度就不能超過15%。
(2)清洗過程
a.配制500mL合適的清洗溶液；
b.斷開抑制器中，分別清洗保護(hù)柱和分離柱，如果分離柱和保護(hù)柱串聯(lián)清洗，則將保護(hù)柱接在分離柱之后；
c.設(shè)置流速對2mm色譜柱采用0.5mL/min,而對4mm色譜柱采用1mL/min；
d.用二次去離子水沖洗色譜柱15分鐘；
e.用清洗液清洗色譜柱60分鐘；
f.用二次去離子水沖洗色譜柱15分鐘；
g.連接抑制器，用淋洗液平衡色譜柱。
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