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 真菌是具有真核和細胞壁的異養(yǎng)生物，種屬很多，已報道的屬達1萬以上，種超過10萬個。真菌通常又分為三類，即酵母菌、霉菌和蕈菌（大型真菌）。對于酵母菌和霉菌，可以用玻璃珠處理，而對于大型真菌，可直接用液氮研磨。經(jīng)過前期處理的菌液，用硅質(zhì)膜吸附，即可得到高純度的基因組。提取純化后的DNA，可以直接用于 PCR/Real time-PCR，sequencing，Southern blot，mutant analysis，SNP 等下游應(yīng)用實驗。