LC-MS/MS 在無(wú)標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)中的應(yīng)用解析檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

一、LC-MS/MS：無(wú)標(biāo)記定量的核心技術(shù)支撐

無(wú)標(biāo)記定量（Label-Free Quantification, LFQ）之所以成為當(dāng)前dànbáizhì組學(xué)研究中的主流定量方式之一，很大程度上得益于 LC-MS/MS 技術(shù)的發(fā)展。LC-MS/MS 是液相色譜與串聯(lián)質(zhì)譜的聯(lián)合平臺(tái)，其中 LC 負(fù)責(zé)將復(fù)雜多肽混合物進(jìn)行高效分離，MS/MS 則對(duì)分離后的肽段進(jìn)行定性與定量檢測(cè)。在 LFQ 中，質(zhì)譜一級(jí)（MS1）的信號(hào)強(qiáng)度——即肽段的峰面積，是蛋白相對(duì)豐度計(jì)算的關(guān)鍵依據(jù)，而 MS/MS 生成的碎片譜圖則用于蛋白鑒定。這種依賴(lài)高分辨率、高穩(wěn)定性的檢測(cè)體系，使得 LC-MS/MS 成為 LFQ 成敗的決定性因素。

二、從樣本到數(shù)據(jù)：LC-MS/MS 在 LFQ 中的完整流程解析

無(wú)標(biāo)記定量dànbáizhì組學(xué)的實(shí)驗(yàn)流程從樣本準(zhǔn)備開(kāi)始。蛋白抽提后需進(jìn)行酶解、脫鹽并統(tǒng)一濃度，確保上機(jī)一致性。隨后，樣本經(jīng)納升液相色譜分離系統(tǒng)處理，通常使用反相 C18 柱，并通過(guò)梯度洗脫在 60~120 分鐘內(nèi)緩慢釋放肽段，有效提升分離度，減少共洗脫現(xiàn)象。隨后進(jìn)入質(zhì)譜分析階段，常用的數(shù)據(jù)采集模式包括 DDA（依賴(lài)zuì強(qiáng)離子進(jìn)行碎裂）和 DIA（覆蓋所有預(yù)設(shè) m/z 區(qū)間，數(shù)據(jù)完整性更強(qiáng)）。zuì后，通過(guò) MaxQuant、DIA-NN 等工具完成蛋白定量、歸一化處理和差異分析，構(gòu)建表達(dá)譜及功能注釋。

1、蛋白樣本前處理

LFQ樣本無(wú)需標(biāo)記，通常包括以下步驟：

（1）蛋白抽提與定量（BCA、Bradford）

（2）yíméi酶解生成多肽

（3）肽段脫鹽純化（C18柱）

（4）上樣濃度標(biāo)準(zhǔn)化處理

百泰派克采用自動(dòng)化液處理平臺(tái)實(shí)現(xiàn)高通量樣本前處理，提升數(shù)據(jù)一致性。

2、液相色譜分離（LC）

肽段混合物上樣后，先通過(guò)納升級(jí)反相色譜系統(tǒng)進(jìn)行分離：

（1）使用 C18 納柱（通常為75 µm × 15 cm）

（2）梯度洗脫時(shí)間常設(shè)為60-120分鐘，以提高分辨率

（3）搭配在線(xiàn)納噴（nanoESI）提升離子化效率

高質(zhì)量的分離能減少肽段共洗脫，提升峰識(shí)別的準(zhǔn)確性，是獲得高信噪比MS數(shù)據(jù)的關(guān)鍵。

3、質(zhì)譜檢測(cè)（MS/MS）

無(wú)標(biāo)記定量常見(jiàn)數(shù)據(jù)采集模式包括：

（1）DDA（Data-Dependent Acquisition）：

• 先進(jìn)行MS1全掃描（300–1800 m/z）

• 選擇Top-Nzuì強(qiáng)峰碎片化（MS2）進(jìn)行定性分析

• MS1強(qiáng)度用于定量（LFQ核心）

（2）DIA（Data-Independent Acquisition）：

• 將m/z區(qū)間劃分為連續(xù)窗口，同時(shí)碎裂所有肽段

• 配合離線(xiàn)譜圖庫(kù)或人工建庫(kù)，提升數(shù)據(jù)完整性

• 更適合大樣本量或?qū)θ笔е得舾械捻?xiàng)目

4、數(shù)據(jù)提取與分析

采集完成后，LFQ定量依賴(lài)于特定軟件平臺(tái)進(jìn)行數(shù)據(jù)提取與統(tǒng)計(jì)：

（1）MaxQuant + Perseus：目前zuì主流的LFQ分析組合，支持蛋白鑒定、定量與差異分析；

（2）MSFragger、DIA-NN（DIA用）：支持更快的數(shù)據(jù)搜索與高靈敏度的定量建庫(kù)；

（3）數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化：Log2轉(zhuǎn)化、Z-score歸一、缺失值填補(bǔ)等；

（4）差異分析 + 功能富集 + 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建（如GO、KEGG、PPI分析）一體完成。

百泰派克擁有zhuānyè生信團(tuán)隊(duì)，可根據(jù)客戶(hù)研究目標(biāo)提供從原始數(shù)據(jù)至發(fā)表級(jí)圖表的一站式分析服務(wù)。

三、無(wú)標(biāo)記定量dànbáizhì組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢(shì)與潛在挑戰(zhàn)

1、技術(shù)優(yōu)勢(shì)：

（1）無(wú)需標(biāo)記，簡(jiǎn)化流程，降低成本

（2）適合大規(guī)模樣本批次分析

（3）支持任意樣本補(bǔ)充、靈活上機(jī)

（4）數(shù)據(jù)易于與轉(zhuǎn)錄組、代謝組對(duì)接

2、挑戰(zhàn)與應(yīng)對(duì)：

（1）批間差異與LC漂移：解決方案是引入QC樣本 + RT對(duì)齊算法；

（2）缺失值問(wèn)題：通過(guò)多重插補(bǔ) + 數(shù)據(jù)歸一化模型優(yōu)化；

（3）低豐度蛋白識(shí)別率低：延長(zhǎng)色譜梯度 + 使用DIA模式 + Orbitrap高靈敏設(shè)備提升覆蓋。

四、適用場(chǎng)景廣泛，靈活應(yīng)對(duì)各類(lèi)研究需求

得益于 LC-MS/MS 平臺(tái)的不斷升級(jí)，LFQ 已廣泛應(yīng)用于多種研究方向，包括癌癥組織或血漿樣本的差異表達(dá)分析、藥物處理前后蛋白譜變化監(jiān)測(cè)、細(xì)胞信號(hào)通路激活狀態(tài)評(píng)估、外泌體及微量樣本定量研究等。尤其在機(jī)制探索、標(biāo)志物篩選與高通量初篩階段，LFQ 展現(xiàn)出xìngjiàbǐgāo、結(jié)果全面、流程靈活的優(yōu)勢(shì)。通過(guò)合理優(yōu)化 LC 梯度、質(zhì)譜參數(shù)與數(shù)據(jù)分析路徑，研究者可基于 LC-MS/MS 平臺(tái)構(gòu)建系統(tǒng)而穩(wěn)定的dànbáizhì表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)。

五、百泰派克生物科技：為您的 LFQ 項(xiàng)目提供zhuānyè支撐

百泰派克配備多臺(tái) Thermo Orbitrap 系列質(zhì)譜儀，結(jié)合高效液相色譜系統(tǒng)與自動(dòng)化前處理平臺(tái)，能夠?yàn)椴煌芯啃枨筇峁﹤€(gè)性化 LFQ 技術(shù)解決方案。無(wú)論是 10 樣本還是 100 樣本，無(wú)論是組織、血液還是外泌體，我們都能提供從樣本制備、質(zhì)譜上機(jī)、數(shù)據(jù)提取到功能注釋的全流程服務(wù)，并可按需整合代謝組、轉(zhuǎn)錄組等多組學(xué)分析需求。我們致力于讓科研人員以更低的實(shí)驗(yàn)門(mén)檻，獲得更高質(zhì)量的數(shù)據(jù)支持與結(jié)果轉(zhuǎn)化能力。

LC-MS/MS 不僅是 LFQ 的基礎(chǔ)，更是其精度和可重復(fù)性的保障。隨著質(zhì)譜硬件性能提升和數(shù)據(jù)算法不斷優(yōu)化，無(wú)標(biāo)記定量dànbáizhì組學(xué)將在更多科研和產(chǎn)業(yè)化場(chǎng)景中發(fā)揮更大潛力。如果您正在籌劃蛋白組定量研究，歡迎與百泰派克生物科技聯(lián)系，我們將為您的研究提供強(qiáng)有力的技術(shù)支持和解決方案，助力科研成果從“可見(jiàn)”到“可發(fā)表”。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上先進(jìn)的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白，線(xiàn)性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)先進(jìn)，填補(bǔ)技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問(wèn)題?？稍趩渭?xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專(zhuān)有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過(guò)我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過(guò)CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤，為客戶(hù)提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù)；

2.獲國(guó)家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶(hù)提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái)，滿(mǎn)足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶(hù)的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

LC-MS/MS 在無(wú)標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)中的應(yīng)用解析檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹