如何使用De Novo測(cè)序解析抗體結(jié)構(gòu)？檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

De Novo測(cè)序，指的是在缺乏任何數(shù)據(jù)庫(kù)參考的前提下，通過高分辨率質(zhì)譜儀采集到的MS/MS碎片離子數(shù)據(jù)，直接從dànbáizhì推斷出氨基酸序列。這一技術(shù)的關(guān)鍵在于將蛋白酶解為大量可覆蓋全序列的短肽段，通過算法解析這些片段的碎片譜圖，并在之后進(jìn)行序列拼接，從而獲得抗體輕鏈與重鏈的全長(zhǎng)序列。與依賴數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)的方法相比，De Novo測(cè)序真正實(shí)現(xiàn)了從蛋白出發(fā)、還原全序列的能力，尤其適用于天然來源抗體、動(dòng)物免疫抗體、臨床樣本抗體、以及已丟失基因載體的抗體重構(gòu)等復(fù)雜情況。

一、抗體結(jié)構(gòu)解析為何離不開序列信息？

抗體作為功能高度特異的蛋白分子，其一級(jí)結(jié)構(gòu)（即氨基酸序列）決定了抗原識(shí)別能力、藥理機(jī)制、安全性及可開發(fā)性。完整解析抗體結(jié)構(gòu)，是抗體藥開發(fā)、疫苗研究、功能重構(gòu)、表達(dá)系統(tǒng)優(yōu)化及一致性驗(yàn)證等多個(gè)環(huán)節(jié)的基礎(chǔ)。但現(xiàn)實(shí)中，科研人員和企業(yè)常常面對(duì)“僅有蛋白、缺乏基因"的抗體樣本，例如從動(dòng)物免疫獲得的天然抗體、已丟失表達(dá)載體的歷史樣本、臨床樣本中的體液抗體等。在這些情況下，傳統(tǒng)依賴mRNA或參考數(shù)據(jù)庫(kù)的序列獲取方式失效，必須借助質(zhì)譜驅(qū)動(dòng)的De Novo測(cè)序來實(shí)現(xiàn)抗體結(jié)構(gòu)的全面解析。

二、De Novo抗體測(cè)序的技術(shù)流程是怎樣的？

1、抗體樣本制備

需要的是純化后的抗體蛋白（如SDS-PAGE條帶、親和純化產(chǎn)品、濃縮上清）。百泰派克支持樣本前處理，包括Protein A/G富集、除鹽、濃縮等。

2、多酶酶解與肽段制備

使用多種酶（Trypsin、Chymotrypsin、AspN等）進(jìn)行并行酶解，生成大量重疊肽段，提高覆蓋率。

3、質(zhì)譜分析（LC-MS/MS）

使用高分辨率質(zhì)譜儀（如Orbitrap Fusion Lumos）進(jìn)行MS/MS碎片采集，獲得每個(gè)肽段的碎片離子圖譜。

4、De Novo序列推斷與拼接

應(yīng)用專用算法（如PEAKS、Novor）進(jìn)行序列識(shí)別，并通過拼接邏輯重建出完整的輕鏈和重鏈序列。

5、結(jié)構(gòu)驗(yàn)證與功能建模（可選）

可進(jìn)一步進(jìn)行序列建模、表達(dá)驗(yàn)證或結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)，用于功能分析或抗體工程。

三、解析抗體結(jié)構(gòu)過程中的難點(diǎn)及策略

抗體分子不僅序列較長(zhǎng)、結(jié)構(gòu)復(fù)雜，關(guān)鍵功能區(qū)域（如CDR）還具有高度變異性，這對(duì)De Novo測(cè)序的覆蓋率和準(zhǔn)確率提出了jígāo要求。首先，CDR區(qū)域由于酶切位點(diǎn)少、空間結(jié)構(gòu)穩(wěn)定，往往難以被常規(guī)酶充分切割，導(dǎo)致數(shù)據(jù)覆蓋盲區(qū)。因此，多酶酶解策略至關(guān)重要，它能制造更多重疊片段，從不同角度提升識(shí)別能力。其次，抗體輕鏈與重鏈同源性強(qiáng)，容易在拼接過程中發(fā)生錯(cuò)配，需引入結(jié)構(gòu)模板比對(duì)與人工審閱機(jī)制進(jìn)行識(shí)別。再次，抗體天然存在糖基化、氧化、脫酰胺等翻譯后修飾，這些修飾不僅影響功能，也會(huì)導(dǎo)致質(zhì)譜峰偏移甚至碎片丟失，必須在算法中開啟修飾識(shí)別功能并結(jié)合人工確認(rèn)?？偟膩碚f，De Novo測(cè)序不僅依賴硬件平臺(tái)，更依賴酶解設(shè)計(jì)、數(shù)據(jù)整合、結(jié)構(gòu)分析與人工復(fù)核等系統(tǒng)策略。

四、De Novo解析抗體常見應(yīng)用場(chǎng)景

百泰派克生物科技：zhuānyèDe Novo抗體測(cè)序解決方案

作為質(zhì)譜驅(qū)動(dòng)的蛋白結(jié)構(gòu)解析服務(wù)提供商，百泰派克生物科技建立了一套覆蓋抗體樣本準(zhǔn)備、多酶策略設(shè)計(jì)、高精度質(zhì)譜分析、自研算法拼接、修飾識(shí)別與重組表達(dá)驗(yàn)證的完整流程。我們采用Orbitrap Fusion Lumos平臺(tái)，結(jié)合五種不同蛋白酶進(jìn)行并行消化，生成高覆蓋度數(shù)據(jù)矩陣；在數(shù)據(jù)處理階段，融合PEAKS與自主算法，并引入人工校核與結(jié)構(gòu)建模機(jī)制，有效提升CDR等關(guān)鍵區(qū)段的解析精度。我們?yōu)楦咝！⑨t(yī)院、生物藥企提供高可信度、高完整度的De Novo抗體結(jié)構(gòu)解析服務(wù)，支持：

* 全長(zhǎng)抗體序列重建（包含可變區(qū)和恒定區(qū)）

• CDR高覆蓋率解析與建模

• 修飾位點(diǎn)注釋 + 差異比對(duì)分析

• 重組表達(dá)模板設(shè)計(jì)服務(wù)

• 同源抗體數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì) + 功能注釋

在交付層面，我們不僅提供完整抗體序列，還可選配抗體建模、重組表達(dá)模板構(gòu)建、以及與原抗體的結(jié)構(gòu)比對(duì)報(bào)告，滿足不同客戶從科研探索到藥物開發(fā)的多層級(jí)需求。

在抗體研發(fā)日益加速、數(shù)據(jù)完整性要求日益提升的jīntiān，De Novo抗體測(cè)序正在從“gāoduān選項(xiàng)"轉(zhuǎn)變?yōu)椤盎A(chǔ)能力"。它不僅解決了無基因序列樣本的結(jié)構(gòu)解析難題，也為抗體藥的一致性驗(yàn)證、功能重建、zhuānlì設(shè)計(jì)與表達(dá)優(yōu)化提供了技術(shù)支撐。通過高精度的質(zhì)譜平臺(tái)、科學(xué)的酶解設(shè)計(jì)和嚴(yán)謹(jǐn)?shù)臄?shù)據(jù)分析，百泰派克生物科技致力于為每一位客戶提供可表達(dá)、可驗(yàn)證、可轉(zhuǎn)化的抗體序列信息。無論您是科研團(tuán)隊(duì)，還是抗體藥企業(yè)，我們都愿意成為您抗體結(jié)構(gòu)解析道路上的可靠伙伴。如您手中已有抗體樣本但缺乏序列信息，歡迎聯(lián)系百泰派克，獲取免費(fèi)樣本評(píng)估與定制方案，我們將用zhuānyè與經(jīng)驗(yàn)，為您的項(xiàng)目護(hù)航。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭?xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù)；

2.獲國(guó)家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái)，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

如何使用De Novo測(cè)序解析抗體結(jié)構(gòu)？檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹