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細胞STR鑒定,常見問題答疑

時間:2024/9/30閱讀:678
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1. 報告結(jié)果中提示的多等位基因結(jié)果是什么?

答:正常的人源細胞組織細胞其STR圖譜,一個基因位點僅出現(xiàn)一個或2個峰。如發(fā)生細胞交叉污染現(xiàn)象,基因位點會出現(xiàn)多等位基因,即一個基因位點出現(xiàn)3個或以上峰??紤]到微衛(wèi)星的不穩(wěn)定,也不排除細胞突變的情況。

2. 細胞匹配的判讀標(biāo)準(zhǔn)是什么,怎么通過結(jié)果大致分析是否存在交叉污染?

答:參考ATCC-ANSI細胞鑒定標(biāo)準(zhǔn),檢測細胞和已公布的數(shù)據(jù)比對,匹配度低于0.8則判定細胞和目標(biāo)細胞系不匹配。匹配度在0.8-1.0之間,判定細胞基本匹配,可能存在交叉污染或者傳代代次過高導(dǎo)致的細胞質(zhì)量下滑,位點突變的情況。

需注意,當(dāng)出現(xiàn)3個及以上多等位基因結(jié)果時,需進一步參考數(shù)據(jù)庫排查是否存在 叉污染。匹配度為1.0則樣本和目標(biāo)細胞匹配,且細胞質(zhì)量較好。

3. 目前小鼠細胞的STR鑒定是否可以做?

答:目前除部分公布的小鼠細胞位點數(shù)據(jù)外,還采取自行收錄標(biāo)準(zhǔn)樣本的方式整合小鼠細胞數(shù)據(jù)庫,市面上常見的小鼠細胞系結(jié)果均可進行鑒定。部分少見細胞系,需要通過定向數(shù)據(jù)比對的方式來確定來源。

4. 什么是 STR?細胞系鑒定原理簡單描述?STR 檢測結(jié)果里邊的數(shù)字是什么意思?

 答:STR:基因上的短串聯(lián)重復(fù)序列分子標(biāo)記(ATATATATATATAT,數(shù)字代表段串聯(lián)序列重復(fù)次數(shù))。每一株構(gòu)建的細胞系都有一組特異性的 STR 數(shù)據(jù)與之對應(yīng),細胞系是否正確,檢測該樣本的 STR 與數(shù)據(jù)庫對應(yīng)的細胞系 STR 比對是否一致即可。一旦細胞系的遺傳特性被確立,細胞系就應(yīng)該定期的檢測,以防止出現(xiàn)細胞系被誤認(rèn)或交叉污染的情況。

5. 什么時候需細胞系鑒定?

1、發(fā)表文章或申請課題經(jīng)費前;

2、使用細胞進行臨床治療(試驗)前;

3、準(zhǔn)備凍存保種或已凍存多年的細胞;

4、一個涉及到細胞試驗項目開始/結(jié)束時;

5、新得到的細胞或?qū)嶒炇遗囵B(yǎng) 5 代以上的細胞;

6、細胞系表現(xiàn)不穩(wěn)定或結(jié)果與預(yù)期差別較大;細胞功能不正常;

7,實驗室新建立的細胞系;

6 ,所鑒定的細胞系數(shù)據(jù)庫沒有 STR 數(shù)據(jù)參考怎么辦?為什么會無匹配?原代細胞能夠做細胞鑒定嗎?

答:出現(xiàn)匹配不上任何已知數(shù)據(jù)情況,是因為這株細胞的標(biāo)準(zhǔn)序列并沒有收錄在國際的細胞庫之中,導(dǎo)致送檢樣本與任何的序列都不匹,或者樣本是自主構(gòu)建的新細胞系。沒有對比數(shù)據(jù)的,按說也要檢測一下 STR,只要做出來 str 數(shù)據(jù)跟數(shù)據(jù)庫排查,如果最后無匹配結(jié)果,問題不大,如果跟其他細胞匹配上 比如跟 hela 匹配上就有問題。原代細胞亦可做細胞系 STR 鑒定,一方面將其 STR 與數(shù)據(jù)庫做個排查。原代細胞鑒定需客戶提供原始組織和原代細胞,成組檢測,以原始組織的 STR 分型結(jié)果作為標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)進行比對。

7. 細胞鑒定已公布的數(shù)據(jù)來源?

答:DSMZ 數(shù)據(jù)庫,是整合4個國際數(shù)據(jù)庫:美國ATCC、德國DSMZ、日本JCRB和RIKEN,Expasy數(shù)據(jù)庫輔助判斷。

8. 細胞鑒定STR體系涵蓋多少個位點?

答:國際金標(biāo)準(zhǔn)8個STR和1個性別鑒定位點,更額外贈送12個STR位點輔助判斷。

9. 細胞鑒定STR體系是否能應(yīng)用于干細胞存儲領(lǐng)域?

答:細胞鑒定是一種司法親子鑒定技術(shù),不僅可以鑒定商品化的細胞株,還能應(yīng)用于干細胞來源性輔助鑒定。入庫細胞和對應(yīng)干細胞存儲者來源是否一致,也可通過細胞鑒定來實現(xiàn)。

10. 細胞鑒定STR能否分辨轉(zhuǎn)染細胞株的成功率和挑選轉(zhuǎn)染細胞株?

答:目前測試下來,轉(zhuǎn)染和基因改造的細胞系,STR結(jié)果基本一致,匹配度大概在0.9-1.0之間,僅通過STR的方法還是沒辦法做篩選穩(wěn)轉(zhuǎn)株的目的,建議是通過WB和基金測序,單克隆挑選來篩選想要的穩(wěn)轉(zhuǎn)細胞株。

 

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